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[GROMACS] 乙醇水体系跑md时,出现分离现象

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本帖最后由 哇酷哇酷 于 2025-4-15 11:12 编辑

如图,乙醇(绿色)分散在了盒子的两边,正常情况下应该是均匀分混合的,不知道什么问题,这是我的mdp和top文件,请各位大佬指点下

202504142053115143..png (155.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

202504142053115143..png

eq.mdp

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ET40-2X2U.top

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ethanol.itp

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ffnonbonded.itp

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发表于 Post on 2025-4-15 03:59:46 | 只看该作者 Only view this author
拓扑文件要给就给全,#include "ethanol.itp"的拓扑文件根本没上传
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-15 11:14:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-15 03:59
拓扑文件要给就给全,#include "ethanol.itp"的拓扑文件根本没上传

抱歉sob老师,我现在上传了,麻烦您看下

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发表于 Post on 2025-4-15 14:24:18 | 只看该作者 Only view this author
乙醇的拓扑文件里原子电荷都为0,都没法描述静电作用,结果当然离谱
sobtop主页http://sobereva.com/soft/Sobtop里明确说了设置原子电荷的事
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