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[GROMACS] 求助 如何加入离子溶液

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楼主
我想要模拟冠醚分子在离子溶液中的络合作用,请问在模拟过程中是在添加溶剂的时候加入离子溶液,还是建立好冠醚溶液的盒子之后再加入离子。
还是有什么其他的方法呢?

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发表于 Post on 2023-2-27 13:59:01 | 只看该作者 Only view this author
“添加溶剂的时候加入离子溶液”语义不明

如果是单原子离子,加了溶剂后用gmx genion加
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-27 14:48:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-27 13:59
“添加溶剂的时候加入离子溶液”语义不明

如果是单原子离子,加了溶剂后用gmx genion加

就是添加单原子谢谢老师 老师还想问一下 如果想绘制金属离子络合物的pdb 比如冠醚和铯离子的配合物18c6-sr应该用什么软件绘制呢

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发表于 Post on 2023-3-1 15:40:18 | 只看该作者 Only view this author
xuan12138 发表于 2023-2-27 14:48
就是添加单原子谢谢老师 老师还想问一下 如果想绘制金属离子络合物的pdb 比如冠醚和铯离子的配合物18c6-s ...

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