计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 853|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 请教如何计算A分子的碳原子与B分子的氧原子的径向分布函数

[复制链接 Copy URL]

134

帖子

0

威望

484

eV
积分
618

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
老师,我的体系里面有50个A分子和50个B分子,我想计算的是A分子的碳原子与B分子的氧原子的径向分布函数,分组的时候将50个分子(所有的碳)分在一组,剩下的50个B原子的氧原子分为一组,这样计算对吗?还请问老师,怎么把50个A分子的C原子全部分在一组?




6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-11-26 03:02:45 | 只看该作者 Only view this author


用gmx make_ndx创建索引文件,利用里面的恰当的命令选择(结合残基名、原子名)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

134

帖子

0

威望

484

eV
积分
618

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-27 10:51:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-26 03:02


用gmx make_ndx创建索引文件,利用里面的恰当的命令选择(结合残基名、原子名)

谢谢老师的回答

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 06:06 , Processed in 0.156660 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list