对聚合物体系做自组装模拟时，长链不动的问题

T0ma

        打扰各位了，我尝试做PEG50-PCL20的水相自组装模拟，使用TPPmktop生成结构单元的拓扑后写入oplsaa力场文件中，经测试使用pdb2gmx可以正常生成长链的拓扑文件。

        我首先使用packmol生成了十条链堆叠于box中心的体系，填充tip3p溶剂后，使用科音GMX初级班中的EM\NVT\NPT模板依次平衡，然后尝试先进行2ns的MD，看看链段的模拟情况。可以看到橙色的PCL链段收缩，蓝色的PEG链段比较舒展，有形成自组装结构的一点特征。
        MD模拟前的初始结构：


        经过2ns模拟后的构象：


基于初步的模拟，我再次使用packmol生成了四十条链的体系，使用同样的模板跑了2ns的MD，却发现分子链几乎没有移动，只在局部有构象的细微变化。我起初以为是限制质心平动的原因，comm-mode设置为None又跑了2ns，分子链依然没有移动。

我仔细寻找10链和40链模拟参数及文件的区别，发现在top文件中，10链的top被命名为了Protein_chain A，即把40条链当成了一个大蛋白质分子去模拟；而在40链的top中，我手动将protein改为了polymer，然后在[ molecules ]部分写了polymer 40。此外，在10链的模拟中我使用了tip3p水模型，而在40链模拟中系统默认使用了spce。其余的模拟条件均相同。我想知道为什么在模拟过程中链不动呢？这种情况在我刚学习gromacs的时候也经常发生，望解惑，谢谢各位！

sobereva

何不把所有设置都同意了再对比两种情况

当前问题大概率是控温设置，注意检查控温的组，监控温度的变化。只要有足够的温度，不可能原子基本不怎么动


不存在“科音GMX初级班”的培训班。北京科音的分子动力学培训班目前只有“分子动力学与GROMACS培训班”，这不是初级班，内容包含了大量中级水平的。

T0ma

sobereva 发表于 2023-2-25 04:16
何不把所有设置都同意了再对比两种情况

当前问题大概率是控温设置，注意检查控温的组，监控温度的变化。 ...

社长你好，我买的就是“分子动力学与GMX培训班”的教材，你们的教材编写的非常好，通俗易懂。

我升高温度至320K试了一下，大分子链还是固定住，只有局部构象的变化。我猜想是否是因为packmol生成的时候太密集了，有很多不合理的物理缠结点，导致链段动不了，您觉得存在这种可能吗？