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[GROMACS] 多配体分子动力学能量极小化报错

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本帖最后由 Linrude 于 2023-2-28 10:08 编辑

请教一下各位老师,我最近在做蛋白(PDB:1zk4)和多配体的分子动力学模拟,配体分别是NADPH和底物sub,我把分子对接之后的NADPH和sub分别扣出来保存为pdb、mol2文件,然后用高斯做opt freq,然后利用sobtop生成这两配体的itp和gro文件。单独做蛋白和底物sub的模拟是成功的,但是只要加入了NADPH能量极小化就会报错(不论是蛋白单独和NAD跑还是NADPH和sub加入一起跑),我也查看了复合物的结构并没有发现有不合理的地方,也搜了不少帖子但还是出现问题。报错的信息以及模拟用到的文件我都添加在了附件中,麻烦各位老师帮忙指点一下,谢谢。

complex.gro

171.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

top和em相关文件.rar

916.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 7

NADPH-1zk4.gro

3.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

NADPH-1zk4.itp

49.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

sub-1zk4.gro

984 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1

sub-1zk4.itp

10.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

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