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[波函数分析求助] 如何定量的分析分子中空间位阻的大小?

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看到一些分析直接用原子间距减掉范德华半径和,得到一个距离来指征,但是我觉得用范德华半径非常不妥,不同分子中用这同一个半径、还当成球,肯定不合适。
有人用NBO的E(2),但是我个人觉得不大对,不是很确定。

想问有什么合适(最好易于使用)的方法?

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发表于 Post on 2015-8-6 19:21:23 | 只看该作者 Only view this author
可以计算电子密度0.001等值面的穿透距离,这比起用范德华球更合理,因为体现了电子结构,见此文末尾
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196

另外可以用RDG分析,位阻区域越红位阻越大,定量比较可以用AIM,见:
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

E2并不适合。NBO里面有个steric分析,可以给出每一对儿NLMO之间的位阻能,可以试试。

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liyuanhe211 + 5 谢谢

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发表于 Post on 2015-8-14 14:45:53 | 只看该作者 Only view this author
如果要知道分子的动力学直径,有什么简单的办法吗?

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发表于 Post on 2015-8-15 02:52:09 | 只看该作者 Only view this author
虎王 发表于 2015-8-14 14:45
如果要知道分子的动力学直径,有什么简单的办法吗?


最严格做法还是进行分子穿过分子筛的模拟。粗略一些就算范德华直径
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发表于 Post on 2017-7-2 16:22:27 | 只看该作者 Only view this author
你好,我想咨询一下,如果只是想简单粗略的比较一下空间效应,用什么方法比较好

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发表于 Post on 2017-7-3 11:08:28 | 只看该作者 Only view this author
zhanghuize 发表于 2017-7-2 16:22
你好,我想咨询一下,如果只是想简单粗略的比较一下空间效应,用什么方法比较好

RDG分析,位阻区域越红位阻越大。
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发表于 Post on 2017-7-3 12:08:14 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2017-7-3 11:08
RDG分析,位阻区域越红位阻越大。


值得一提的是,Multiwfn 3.4中支持了RDG域积分,并根据J. Phys. Chem. A, 115, 12983 (2011)的方法可以区分吸引和互斥,对讨论这个可能有用(但方法的普适性没有充分测试),见手册4.200.14节的例子。
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发表于 Post on 2020-9-4 17:29:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-8-6 19:21
可以计算电子密度0.001等值面的穿透距离,这比起用范德华球更合理,因为体现了电子结构,见此文末尾
使用M ...

AIM是怎么可以定量比较位阻大小的呢?

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发表于 Post on 2020-9-5 02:56:46 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2020-9-4 17:29
AIM是怎么可以定量比较位阻大小的呢?

看临界点位置的sign(lambd2)rho的具体数值
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发表于 Post on 2020-9-5 02:57:48 | 只看该作者 Only view this author
再补充一点,可以通过Multiwfn做基于力场的能量分解,计算交换互斥项进行衡量
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html
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发表于 Post on 2022-5-28 19:33:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-3 12:08
值得一提的是,Multiwfn 3.4中支持了RDG域积分,并根据J. Phys. Chem. A, 115, 12983 (2011)的方法可以 ...

楼主我想问一下问么比较叔丁基,异丙基,苯基,乙基以及环己基位阻大小呢

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发表于 Post on 2022-5-29 01:27:38 | 只看该作者 Only view this author
任可儿 发表于 2022-5-28 19:33
楼主我想问一下问么比较叔丁基,异丙基,苯基,乙基以及环己基位阻大小呢

需要结合具体体系才能说位阻的事。没前提的情况下顶多计算一下基团的范德华体积
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发表于 Post on 2023-3-5 18:58:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-5 02:57
再补充一点,可以通过Multiwfn做基于力场的能量分解,计算交换互斥项进行衡量
使用Multiwfn做基于分子力场 ...

老师,可以用GKS-EDA中的交换互斥能来定量描述空间位阻吗?

本版积分规则 Credits rule

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