求助关于采用伞形采样计算平均力势问题

yangjunfang

使用wham进行计算得到平均力势，结果如下图，想请教一下在大约2nm处我画红线部分为什么会有突变，请问怎么处理？

Entropy.S.I

检查直方图，大概率此处未采样充分

此外，建议用带有误差线的PMF曲线

yangjunfang

Entropy.S.I 发表于 2023-6-11 11:07
检查直方图，大概率此处未采样充分

此外，建议用带有误差线的PMF曲线

yangjunfang

Entropy.S.I 发表于 2023-6-11 11:07
检查直方图，大概率此处未采样充分

此外，建议用带有误差线的PMF曲线

您好，我通过减小间隔解决未充分采样的问题，并且对能量进行了校正。我还想请问您为什么我的横坐标不是从0开始的，和文献中有区别，请问这样是正确的吗？

Entropy.S.I

yangjunfang 发表于 2023-6-12 16:23
您好，我通过减小间隔解决未充分采样的问题，并且对能量进行了校正。我还想请问您为什么我的横坐标不是从 ...

没有给出模型，就放个抽象的图表，这种问题无法解答

yangjunfang

Entropy.S.I 发表于 2023-6-12 16:32
没有给出模型，就放个抽象的图表，这种问题无法解答

老师，您好，我这个模型是含有N个分子的一个cluster，我想计算将一个单分子拉近到N-1个分子的Custer的平均力势

我设置的pull code如下：
pull                     = yes
pull-ngroups             = 2
pull-group1-name         = MOL_1
pull-group2-name         = MOL_2
pull-group2-pbcatom      = 426
pull-pbc-ref-prev-step-com = yes
pull-ncoords             = 1
pull-coord1-type         = umbrella
pull-coord1-geometry     = distance
pull-coord1-groups       = 1 2
pull-coord1-k            = 1000.0
pull-coord1-dim          = Y Y Y
pull-coord1-rate         = 0.0
pull-coord1-init         = WINDOW
pull-coord1-start        = yes

MengXH7

楼主您好，能教教我怎么算PMF吗

七尺贱

Entropy.S.I 发表于 2023-6-11 11:07
检查直方图，大概率此处未采样充分

此外，建议用带有误差线的PMF曲线

带有误差线的PMF曲线是如何做的呢？多做几次用origin拟合误差吗

yangjunfang

MengXH7 发表于 2024-3-13 21:14
楼主您好，能教教我怎么算PMF吗

Gromacs tutorial已经讲的很详细了

yangjunfang

七尺贱 发表于 2024-3-14 09:33
带有误差线的PMF曲线是如何做的呢？多做几次用origin拟合误差吗

我不知道你说的带有误差线的是什么意思，做出来的曲线是需要校正的，需要加上2kTlog（r）

chuxuedexiaobai

yangjunfang 发表于 2024-4-17 19:56
我不知道你说的带有误差线的是什么意思，做出来的曲线是需要校正的，需要加上2kTlog（r）

想问一下这个PMF矫正加上2KTlogr是直接在每一个值上加嘛，K是什么呢，T是采样温度嘛，R 是采样距离吗是每一个对应点还是说我设置的拉取距离呢

七尺贱

yangjunfang 发表于 2024-4-17 19:56
我不知道你说的带有误差线的是什么意思，做出来的曲线是需要校正的，需要加上2kTlog（r）

需要加上2kTlog（r）. 请问这个如何实现？

yangjunfang

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-17 20:50
想问一下这个PMF矫正加上2KTlogr是直接在每一个值上加嘛，K是什么呢，T是采样温度嘛，R 是采样距离吗是每 ...

K=8.314*10^-3, 对