求助fdp钠盐离子em过程出现成键异常

WuQs

问题背景：fdpna3单晶结构如图
这里用到的fdp3-离子是从单晶结构中抠出的；原子电荷和itp,top,gro文件是高斯+multiwfn+sobtop得到的。
1.在em的过程中总是出现成键异常问题，优化结束后总是有如下Energy minimization has stopped, but the forces have not converged to the
requested precision Fmax < 200 (which may not be possible for your system).
It stopped because the algorithm tried to make a new step whose size was too
small, or there was no change in the energy since last step. Either way, we
regard the minimization as converged to within the available machine
precision, given your starting configuration and EM parameters.

Double precision normally gives you higher accuracy, but this is often not
needed for preparing to run molecular dynamics.
You might need to increase your constraint accuracy, or turn
off constraints altogether (set constraints = none in mdp file)

writing lowest energy coordinates.

Steepest Descents converged to machine precision in 68 steps,
but did not reach the requested Fmax < 200.
Potential Energy  = -2.2743614e+05
Maximum force     =  1.1228680e+05 on atom 34
Norm of force     =  1.3950730e+03

经过检查后发现这个原子的位置就是成键异常附近。有尝试过忽略成键问题继续进行nvt，但是果然这个问题很严重，nvt出错。

问题出现后使用的解决手段：
1.em的问题有使用缩短步长并多次进行em但是没有解决，我个人觉得应该是结构有问题而不是em文件问题。
2.使用mayer键级重新检查键级问题，修改后的结构有图；
3.有一次因为自己忘记填写原子电荷直接em,偶然发现未出现成键异常问题。
4.或许也可能是高斯计算的RESP电荷有错误，因为我不太懂自旋度。5.因为怀疑自己自旋度搞错而尝试使用MS的Dmol3计算ESP电荷，仍然出现相同问题。
6.本来我自己的习惯是em的时候不加h-bonds的限制，但是发现这个地方的问题之后选择加上此限制仍然无法解决此处的成键异常。

实在是不知道应该如何去解决这个问题，还请各位大佬指点。

sobereva

不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

WuQs

sobereva 发表于 2023-3-15 15:43
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你 ...

不好意思，这次记住了。