求助：计算类似体系的MMPBSA，极性和非极性能量差异大？

阿志 · 发表于 Post on 2022-8-28 09:27:55

各位老师好，我使用同一个蛋白质与不同的配体进行MD模拟，运行参数完全一样，相同的力场，水盒子和步长等等，采用pmemd.MPI 进行MD 模拟，计算MMPBSA，设置的参数也是完全一样的，但是计算的结果有一定的问题。
其中有两组计算的结果的极性项和非极性项，较为类似，但是另外一组的极性项和非极性项与前两组的差异较大。请问，这是正常的现象吗？
我认为运行参数完全一样，力场、水盒子也是完全一样的，只有配体有些差别，那么他们的极性项和非极性项会有些许差别，但是不可能差别太大吧。

我的观点可能有错误，希望老师们多批评指正。

chao · 发表于 Post on 2023-1-13 16:03:26

你好，我也出现了你这个问题，请问你解决了吗

阿志 · 发表于 Post on 2023-1-15 11:50:58

chao 发表于 2023-1-13 16:03
你好，我也出现了你这个问题，请问你解决了吗

没有，不过我感觉这可能是由于配体的性质造成的结果；也有可能是的计算参数设置的不是很好，导致的结果。

chao · 发表于 Post on 2023-3-15 16:44:36

可以多跑几个轨迹，会有差别

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