gromacs普通 命令在集群上如何并行？

社会主义小战士

如题。
体系非常大的情况下，如何使用并行来处理降低耗时？
当前配置：36核心，72线程，ubuntu系统，openMPI

命令：gmx insert-molecules

lyj714

gmx大多数自带工具都没有并行支持，不可能用多核。
你这种构建体系的直接用packmol就完事了，尺寸设置大一点基本上也不怎么耗时。

wolfli369

http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html这里面有你的答案

Entropy.S.I

mdrun以外支持并行化的模块屈指可数，具体自己去看手册。