求助：使用charmm-gui构建膜蛋白发现蛋白被切断了

linhan · 发表于 Post on 2025-1-3 15:05:12

我用charmm-gui在第三步设置双层POPC膜后，发现输出的结果中，我的蛋白被切断了，看了氨基酸序列发现多了很多HSD，这是为什么呢？
想问下大家有办法解决吗，第一次使用charmm-gui？谢谢了

student0618 · 发表于 Post on 2025-1-3 21:37:37

HSD 是CHARMM力场中protonated at delta position的histidine, 预设的质子化，对应amber力场的HID。没记错的话要改protonation可另外选。

“断开”的部分可看看是否pymol显示cartoon问题(show sticks 看看全原子)或者是跨周期的问题。

linhan · 发表于 Post on 2025-1-5 01:54:25

student0618 发表于 2025-1-3 21:37
HSD 是CHARMM力场中protonated at delta position的histidine, 预设的质子化，对应amber力场的HID。没记错 ...

谢谢大佬的回复，是的，我从这一步到最后输出assembled的pdb发现，实际蛋白并没有断开，原先这里飘在两侧的片段好像也不复存在。但是有新的问题，1.这个跨周期问题具体是指的什么呀？；2.就是最后我起始pdb文件是存在小分子GDP的，这时候却没有了，不知道怎么解决

大佬能不能指点我一下，麻烦了

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