计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1153|回复 Reply: 9
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 结构优化收敛后出现NO和虚频

[复制链接 Copy URL]

17

帖子

0

威望

115

eV
积分
132

Level 2 能力者

大家好,我最近做计算时碰到结构优化后,计算频率时出现了NO和虚频,我也看过sob老师相关的博文,通过我做类似结构优化时的经验来看,分子在构象上应该是有一个较大的二面角,我在调整初始结构的时候也尝试扭转一个二面角,但是每次优化到最后都会优化到一个近乎平面的结构,这应该是出现虚频的原因,是不是因为步长太大,导致走过了,请问这种情况可以通过减小步长上限的方法解决吗?

1万

帖子

0

威望

9886

eV
积分
22130

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2023-4-2 16:09:07 | 只看该作者 Only view this author
这个分子本来应该是平面吗?扭转之前是严格平面、接近平面还是非平面?二面角扭转了多少?
把这些细节都交代清楚,否则无法回答
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2023-4-2 16:15:02 | 只看该作者 Only view this author
上传压缩后的输出文件。当前描述过于抽象

下文里已经罗列了所有可能有效的解决方法,没有什么可补充的。没有更具体细节没法针对性地回答
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

17

帖子

0

威望

115

eV
积分
132

Level 2 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-2 16:24:58 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-4-2 16:09
这个分子本来应该是平面吗?扭转之前是严格平面、接近平面还是非平面?二面角扭转了多少?
把这些细节都交 ...

由计算类似结构的分子来看,这个分子应该有一个较大的二面角。计算类似结构的分子也出现过虚频的情况,结构优化得到一个近乎平面,二面角位0.007°的结构,我通过扭转二面角最终得到一个二面角约为20°的结构,成功消掉了虚频。目前正在计算的分子结构优化后得到一个二面角为0.02°的近平面结构,出现虚频,我将初始结构扭转角定位15°,想通过同样的方法消掉虚频,但是每次都会优化为近平面结构,出现虚频。

1万

帖子

0

威望

9886

eV
积分
22130

Level 6 (一方通行)

5#
发表于 Post on 2023-4-2 16:31:23 | 只看该作者 Only view this author
吃饭睡觉打豆豆 发表于 2023-4-2 09:24
由计算类似结构的分子来看,这个分子应该有一个较大的二面角。计算类似结构的分子也出现过虚频的情况,结 ...

试过计算初始Hessian了吗?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

17

帖子

0

威望

115

eV
积分
132

Level 2 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-2 16:33:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-2 16:15
上传压缩后的输出文件。当前描述过于抽象

下文里已经罗列了所有可能有效的解决方法,没有什么可补充的。 ...

谢谢sob老师,结构优化和频率计算的输出文件已上传

FREQU.zip

80.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

OPT.zip

104.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

17

帖子

0

威望

115

eV
积分
132

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-2 16:35:09 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-4-2 16:31
试过计算初始Hessian了吗?

关键词写了opt=calcfc,因为用的办公电脑,而且软件为gaussian09,暂时只能这样了。

17

帖子

0

威望

115

eV
积分
132

Level 2 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-2 16:52:52 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-4-2 16:31
试过计算初始Hessian了吗?

不好意思,刚刚发现扭转二面角的初始结构里面关键词没有calcfc 只写了int=ultrafine 我再试一下

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2023-4-3 07:07:26 | 只看该作者 Only view this author
吃饭睡觉打豆豆 发表于 2023-4-2 16:52
不好意思,刚刚发现扭转二面角的初始结构里面关键词没有calcfc 只写了int=ultrafine 我再试一下

按虚频微调结构,opt(calcfc,tight,maxstep=5,notrust) freq int=ultrafine再试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

17

帖子

0

威望

115

eV
积分
132

Level 2 能力者

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-3 08:49:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-3 07:07
按虚频微调结构,opt(calcfc,tight,maxstep=5,notrust) freq int=ultrafine再试

感谢sob老师,我再试一下

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 07:56 , Processed in 0.205529 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list