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[新手求助] 模仿动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索,orca的启动失败了

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本帖最后由 奶啵啵 于 2023-3-30 09:28 编辑

这个地方是不是代表 orca的启动失败了
检查了一下,关键词报错, grid4,请问sob老师是否可以直接删除

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发表于 Post on 2023-3-29 19:26:22 | 只看该作者 Only view this author
grid4是只有orca 4.2.1及以前版本才有的关键词,从orca 5.0.0开始不支持了,应该删去
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-29 22:44:55 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-3-29 19:26
grid4是只有orca 4.2.1及以前版本才有的关键词,从orca 5.0.0开始不支持了,应该删去

好的,我看了一些对应的帖子,发现这个关键词也是有用的,那我需要补别的词么

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发表于 Post on 2023-3-30 00:02:51 | 只看该作者 Only view this author
奶啵啵 发表于 2023-3-29 15:44
好的,我看了一些对应的帖子,发现这个关键词也是有用的,那我需要补别的词么

不需要。
grid4的作用是加大格点,老版本的orca默认格点是grid2,很多时候不太够,因此加到grid4。新版本orca默认格点是defgrid2,比grid4还大。所以对于大部分情况而言,不需要添加关键词增加格点。如果遇到数值误差导致scf/结构优化不收敛、频率计算有假虚频,或者做一些对核附近格点比较敏感的谱学计算,那么可以用defgrid3增加格点
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-30 09:05:55 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-3-30 00:02
不需要。
grid4的作用是加大格点,老版本的orca默认格点是grid2,很多时候不太够,因此加到grid4。新版 ...

好滴好滴,谢谢了,嗯。。。。。。还有就是,我一个结构,一百多个原子,按照文中的级别做单点能,一个gaussian+orca就算了一天。6个难道6天?(24核,24gb)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-30 09:15:37 | 只看该作者 Only view this author
奶啵啵 发表于 2023-3-30 09:05
好滴好滴,谢谢了,嗯。。。。。。还有就是,我一个结构,一百多个原子,按照文中的级别做单点能,一个ga ...

补个问题,在molclus界面显示调动了orca,可是没有开始计算
orca的out文件是空的
orca经过测试是安装成功的

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发表于 Post on 2023-3-30 09:17:45 | 只看该作者 Only view this author
好好把此文看了
谈谈ORCA 5.0的新特性和改变
http://sobereva.com/604http://bbs.keinsci.com/thread-23917-1-1.html

别以为写@sob能令我接收到提醒,居然连名字都不打全。别打什么“哈哈”,下次删帖+扣分处理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2023-3-30 09:19:54 | 只看该作者 Only view this author
奶啵啵 发表于 2023-3-30 09:15
补个问题,在molclus界面显示调动了orca,可是没有开始计算
orca的out文件是空的
orca经过测试是安装成 ...

molclus在干什么、运行什么命令,在屏幕上写得清清楚楚,没有隐藏任何细节。凭常识解决
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-30 09:28:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-30 09:17
好好把此文看了
谈谈ORCA 5.0的新特性和改变
http://sobereva.com/604(http://bbs.keinsci.com/thread-2 ...

已对帖子进行修改

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-30 09:30:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-30 09:19
molclus在干什么、运行什么命令,在屏幕上写得清清楚楚,没有隐藏任何细节。凭常识解决

molclus给的提示是event manager:no focus 无焦点

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发表于 Post on 2023-3-30 09:54:14 | 只看该作者 Only view this author
奶啵啵 发表于 2023-3-30 09:30
molclus给的提示是event manager:no focus 无焦点

截图说明
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-30 10:07:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 奶啵啵 于 2023-3-30 10:09 编辑

不好意思老师,我刚才把终端给关了,是这样的情况
第一个结构调用高斯成功且正常结束,当调用orca时,“orca” orcaSP.inp > orcaSP.out
event manager no focus      tail -f orcaSP.out监控也什么都没有,并且不报错
就一直卡在这里,我觉得可能是内存设置问题,就把inp 文件单独启动orca跑,发现也可以正常跑

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发表于 Post on 2023-3-30 15:58:07 | 只看该作者 Only view this author
奶啵啵 发表于 2023-3-30 02:05
好滴好滴,谢谢了,嗯。。。。。。还有就是,我一个结构,一百多个原子,按照文中的级别做单点能,一个ga ...

如果嫌慢就降低理论级别
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-4-1 05:17:25 | 只看该作者 Only view this author
奶啵啵 发表于 2023-3-30 10:07
不好意思老师,我刚才把终端给关了,是这样的情况。
第一个结构调用高斯成功且正常结束,当调用orca时, ...

不要在奇怪的环境下运行
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-1 10:05:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-1 05:17
不要在奇怪的环境下运行

嗯。。。。这个环境是指?
我昨天嗯。。。。我挺笨的,我用molclus调用高斯优化,得出来的结果,再一个个的自己用orca算单点。
再用Sherom统计能量。

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