模拟碳纳米管时报错

wad

各位大佬、社长好，
我希望对单层碳纳米管进行模拟，首先用VMD生成了结构文件
然后，按照sobtop的生成碳纳米管的实例教程，使用sobtop生成了itp、rtp文件，然后将rtp文件copy到对应力场目录下的
rtp、atp以及ffnonbonded等文件中，使用的是amber14sb_parmbsc1.ff力场。
用这个方式模拟小分子是没有问题的，但是模拟碳纳米管第一步pdb2gmx生成结构文件时，就出现了几百行内容一致的报错
Duplicate line found in or between hackblock and rtp entries

我也看了sob老师最开始用x2top生成top的办法，但是有的教程说这样的方法只使用于gromacs等力场，好像不可以用amber。
我用amber的原因是，体系内含有小分子，想尽量让整个体系处于一个力场下面运行。

想问问需要怎么解决呢？

经过和同学交流后，发现上述报错可能源于sobtop生成的rtp文件中[bond]字段后碳原子没有被编号，无法被程序识别。
比如rtp文件中的[bond]字段内容如下（后面二面角同样的）
[ bonds ]
; name_i       name_j          r0 (nm)    k (kJ/mol/nm^2)
    C            C            0.139840     3.858485E+05     ; Prebuilt ca-ca
    C            C            0.139840     3.858485E+05     ; Prebuilt ca-ca
    C            C            0.139840     3.858485E+05     ; Prebuilt ca-ca
    C            C            0.139840     3.858485E+05     ; Prebuilt ca-ca
    C            C            0.139840     3.858485E+05     ; Prebuilt ca-ca
    C            C            0.139840     3.858485E+05     ; Prebuilt ca-ca
    C            C            0.139840     3.858485E+05     ; Prebuilt ca-ca
    C            C            0.139840     3.858485E+05     ; Prebuilt ca-ca
    C            C            0.139840     3.858485E+05     ; Prebuilt ca-ca
    C            C            0.139840     3.858485E+05     ; Prebuilt ca-ca
    C            C            0.139840     3.858485E+05     ; Prebuilt ca-ca
    C            C            0.139840     3.858485E+05     ; Prebuilt ca-ca
    C            C            0.139840     3.858485E+05     ; Prebuilt ca-ca
    C            C            0.139840     3.858485E+05     ; Prebuilt ca-ca
可是sobtop生成的小分子的rtp，都对这些有很好的编号，也能模拟下来。
不知道是不是我的哪个操作失误了，导致碳管出现这样的问题...
#后来我用sobtop时，不再用pdb作为输入文件，而改用包含键连关系的mol2文件作为输入文件，并且手动指定原子类型，
发现这些键连的编号关系都填进去。
虽然这个报错解决了，但是接下来的模拟依然出现了Fatal error
Fatal error:
Atom C in residue CNT 1 was not found in rtp entry CNT with 816 atoms
while sorting atoms.
有点懵。。
继续检查了.gro文件后发现，依然是编号问题。。
故将pdb文件导入gaussview，去除H，保存为mol2文件，并输入sobtop再生成.gro文件后
此时终于解决了问题。。。

sobereva

本来就没有任何必要用rtp，直接把sobtop产生的itp文件include到主top就完了。当前完全是在走弯路

rtp里同一个残基里不能有同名的原子。sobtop产生的文件里的原子名从输入文件里继承，倘若你的pdb文件里所有原子名都叫C，自然得到的rtp文件里全叫C

我不知道你所说的“多一个functype”指什么。我没发现过有任何问题，也不需要用户自己去做去除这种事

分清楚GAFF和AMBER力场。sobtop主页http://sobereva.com/soft/Sobtop里的弄碳纳米管的教程明明是基于GAFF力场