求助使用gmx gyrate的时候，受到了周期性的干扰，如何解决？

小梁加油鸭 · 发表于 Post on 2023-4-4 20:07:54

如上图，虽然由于周期性显示，这8个红色原子似乎分散开来了，但这8个红色原子其实是属于同一个笼子，实际上是聚集的。
问题在于，我使用gmx gyrate，预期是下图区域①的Rg图像（我认为表示聚集），但实际出现了区域②的Rg图像。我认为这是因为gyrate没有识别出它们是在一个笼子中。
请问我要怎么解决这个由于周期性导致gmx gyrate不符合预期的问题？感谢

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-5 07:27:16

一个办法是trjconv结合-trans对轨迹进行平移，让那几个地方始终在盒子里面
另一个办法是trjconv结合-pbc cluster处理轨迹周期性，自己弄个索引组把红球都作为一个组，使得模拟轨迹里那个组始终保持完整不被盒子截断

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