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[GROMACS] 关于gromacs模拟随机性问题

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大家好,我一直理解不了为什么gromacs的模拟结果随机性很强,如果完全按照牛顿方程来算的话,应该是可以有精确值的,随机性强的原因是否因为①初速度的大小和方向是随机的?②恒温器和恒压器的影响?

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发表于 Post on 2023-4-5 14:01:01 | 只看该作者 Only view this author
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

不是GROMACS随机性强,而是动力学本来就有混沌效应,随机因素极其容易被放大。上文专门说了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-5 16:06:26 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师

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发表于 Post on 2023-4-11 11:19:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-5 14:01
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

sob老师好,关于混沌性我想请教一下,我对一个蛋白体系进行了5次200ns模拟,发现其存在两种区别很大的变构方式,请问我应该怎么去判断哪一种更可能是真实存在的方式呢?
另外由于我的体系是360K,200bar的高温高压条件下进行的,我不确定高压会不会导致初速度对后续轨迹的影响更显著。

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发表于 Post on 2023-4-12 09:51:07 | 只看该作者 Only view this author
观火lsy 发表于 2023-4-11 11:19
sob老师好,关于混沌性我想请教一下,我对一个蛋白体系进行了5次200ns模拟,发现其存在两种区别很大的变 ...


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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