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[GROMACS] gmx跑气液界面的md运行中途出现cuda error #700或者Segmentation fault

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本帖最后由 古与春分 于 2025-6-15 18:02 编辑

老师,我用gmx跑气液界面的分子动力学时,NVT系综下跑md一段时间出现cuda error #700或者Segmentation fault。然后我仔细检查了我每个分子结构的itp文件,top文件和体系gro文件,没有出现原子顺序、原子电荷和分子结构的错误,水模型是opc3.请问各位老师,上述出错是什么原因导致的,该怎么解决了。

1.rar

1.13 MB, 下载次数 Times of downloads: 0

top/itp/gro/mdp等文件

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发表于 Post on 2025-6-14 03:44:20 | 只看该作者 Only view this author
置顶的社员必读贴明确说了,诸如4.5MB的gro这样的很大的文本文件,必须压缩后再上传
计算化学研究者应当了解的文件压缩的常识
http://sobereva.com/672http://bbs.keinsci.com/thread-37881-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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发表于 Post on 2025-6-14 03:46:12 | 只看该作者 Only view this author
交代清楚gromacs版本、运行的软硬件环境

如果Linux下用CPU跑仍有问题,按照http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8反复检查、反复尝试简化体系。
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发表于 Post on 2025-6-14 09:12:27 | 只看该作者 Only view this author
很多具体报错当用GPU跑时都会报cuda error,这时用CPU跑能看到具体原因

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发表于 Post on 2025-6-14 23:43:46 | 只看该作者 Only view this author
我也碰到过,每次都是快结束的时候报cuda的错误,装了一下显卡最新驱动就解决了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-15 18:14:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-14 03:44
置顶的社员必读贴明确说了,诸如4.5MB的gro这样的很大的文本文件,必须压缩后再上传
计算化学研究者应当了 ...

老师,文件已重新上传,gmx是2023.5,系统是rocky 9.4,nVidia驱动是550.120,cuda是12.3.2_545.23.08。
我试试cpu运行有没问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-15 18:15:50 | 只看该作者 Only view this author
reid 发表于 2025-6-14 23:43
我也碰到过,每次都是快结束的时候报cuda的错误,装了一下显卡最新驱动就解决了。

好的,我试试

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