计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 926|回复 Reply: 6
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 蛋白在钙蒙脱石吸附如何设置参数

[复制链接 Copy URL]

29

帖子

0

威望

221

eV
积分
250

Level 3 能力者

本帖最后由 chenchen1 于 2024-7-9 16:08 编辑

   各位老师好,我构建了镉离子在钙基蒙脱石上的吸附体系如图,,黄色是镉离子,蓝色是钙离子,

短暂跑了2ns后,,怀疑是由于设置了pbc=xyz,使矿物的另一面在z方向吸附镉离子,
请问,如果是研究吸附过程的话,是不是应该设置mdp文件为pbc=xy,cut-off-scheme=group,coulombtype=cut-off,vdwtype=PME不做控压,还是使用pbc=xyz对这个体系没有影响。

202407091531279272..png (85.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

202407091531279272..png

202407091513518779..png (126.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

202407091513518779..png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120169

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-7-10 16:00:48 | 只看该作者 Only view this author
说明这是真空环境还是溶剂环境
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

29

帖子

0

威望

221

eV
积分
250

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-14 17:27:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-10 16:00
说明这是真空环境还是溶剂环境

老师,是在溶剂环境下

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120169

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2024-7-16 22:29:19 | 只看该作者 Only view this author
chenchen1 发表于 2024-7-14 17:27
老师,是在溶剂环境下

我不清楚你预期镉离子会怎么吸附。如果镉离子吸附到另一面就是理应发生的现象,当前没有问题。如果不该吸附到那边,用XY周期性也可以,但有可能模拟过程中水分子不断逸出到真空,需要用wall挡住
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

85

帖子

0

威望

2248

eV
积分
2333

Level 5 (御坂)

5#
发表于 Post on 2024-7-17 04:11:32 | 只看该作者 Only view this author
1.以MD力場參數來看镉离子吸附在蛋白質某一個位置可能是緣木求魚..
2.Dissipative particle dynamics (DPD)這些方法應該比較適合你的研究

29

帖子

0

威望

221

eV
积分
250

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-24 15:15:47 | 只看该作者 Only view this author
c00jsw00 发表于 2024-7-17 04:11
1.以MD力場參數來看镉离子吸附在蛋白質某一個位置可能是緣木求魚..
2.Dissipative particle dynamics (DPD ...

老师您好,我们想要关注的是镉在蒙脱石上的吸附,请问这样的设置会合理一些吗

85

帖子

0

威望

2248

eV
积分
2333

Level 5 (御坂)

7#
发表于 Post on 2024-7-27 09:01:01 | 只看该作者 Only view this author
你好,
問題是你要研究離子吸附在蛋白質上,本質上僅靠ELEC & VWD這兩個簡單的MD FF無法達到你要研究的目的..

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 21:55 , Processed in 0.174850 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list