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[新手求助] 在产物未知的情况下如何在materials studio中做反应路径的研究

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各位老师好,我想咨询一下在产物未知的情况下如何在materials studio中做反应路径的研究,比如说可以通过猜过渡态的结构来进行模拟吗?

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发表于 Post on 2023-4-13 15:38:08 | 只看该作者 Only view this author
只要你所用的模块支持单点法或者dimer法优化,就可以。但是过渡态收敛以后需要用IRC等手段确认产物结构
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2023-4-13 18:11:28 | 只看该作者 Only view this author
应当说清楚用的什么模块

如果是Dmol3,强烈不建议使用,看
为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序
http://sobereva.com/508
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-14 11:20:01 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-4-13 15:38
只要你所用的模块支持单点法或者dimer法优化,就可以。但是过渡态收敛以后需要用IRC等手段确认产物结构

我用的是DMol3模块,你说的IRC是不是就等同于该模块下的TS Confimation?你说的大概流程是不是初猜过渡态结构,然后优化过渡态结构,最后通过IRC之类的手段确定产物结构?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-14 11:23:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-13 18:11
应当说清楚用的什么模块

如果是Dmol3,强烈不建议使用,看

sob老师,我用的就是DMol3模块,我先看看您的这篇文章,如果不使用DMol3模块的话是不是可以使用Castep模块?

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发表于 Post on 2023-4-15 00:29:55 | 只看该作者 Only view this author
科研好难 发表于 2023-4-14 11:23
sob老师,我用的就是DMol3模块,我先看看您的这篇文章,如果不使用DMol3模块的话是不是可以使用Castep模 ...

我不知道你算的什么体系。如果是分子体系,用Gaussian算这类问题强百倍。如果是周期性体系,推荐用CP2K
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-17 15:14:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-15 00:29
我不知道你算的什么体系。如果是分子体系,用Gaussian算这类问题强百倍。如果是周期性体系,推荐用CP2K

老师您好,我算的是分子体系,我一开始是用的Gaussian算的,不过由于我的反应物是木质素大分子,导致选取的催化剂团簇模型也比较大,整个体系有点大,试了几次Gaussian都算不了,所以才换到DMol3算的,所以我这种情况DMol3怎么继续模拟反应路径?

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发表于 Post on 2023-4-18 00:13:08 | 只看该作者 Only view this author
科研好难 发表于 2023-4-17 15:14
老师您好,我算的是分子体系,我一开始是用的Gaussian算的,不过由于我的反应物是木质素大分子,导致选取 ...

如果用簇模型嫌Gaussian慢就用ORCA,速度显著快于Dmol3(尤其是杂化泛函),功能还强大得多,还不要钱,用户比Dmol3多近乎一个数量级。Dmol3是毫无前景的程序,看下文了解什么程序才是主流
2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计
http://sobereva.com/599http://bbs.keinsci.com/thread-23482-1-1.html
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