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[新手求助] 柠檬酸铜的结构不合理,该如何调整?

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各位老师好,我用Gaussian结合B3LYP/SDD(Cu) 6-31+G**(C H O)优化柠檬酸铜这个分子,优化完一个CO2分子跑出来,结构被破坏了。请问该如何调整?查了很多数据库没找到这个分子。

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发表于 Post on 2023-4-18 15:38:16 | 只看该作者 Only view this author
Cu必须做显式溶剂化
这个体系的基态不可能是闭壳层单重态,只可能是开壳层单重态或三重态,如果是前者需要准备片段初猜,如果是后者需要改自旋多重度
先把这两个问题解决了,再谈别的
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-4-18 15:46:48 | 只看该作者 Only view this author
带上两个柠檬酸根让Cu配位饱和,Google图片搜索很容易就能找到图




用6-31+G*远不如用6-311G*
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-19 15:10:46 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-4-18 15:38
Cu必须做显式溶剂化
这个体系的基态不可能是闭壳层单重态,只可能是开壳层单重态或三重态,如果是前者需要 ...

老师您好!您跟sob老师的意思好像是这2个铜配位不饱和,我想问一下这个是为什么,怎么看出来不饱和的?

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发表于 Post on 2023-4-19 20:00:44 | 只看该作者 Only view this author
yaoyuan0711 发表于 2023-4-19 08:10
老师您好!您跟sob老师的意思好像是这2个铜配位不饱和,我想问一下这个是为什么,怎么看出来不饱和的?

查一下Cu一般的配位数在什么范围,再数数你的Cu的配位数,就知道了
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-23 14:56:21 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-4-19 20:00
查一下Cu一般的配位数在什么范围,再数数你的Cu的配位数,就知道了

感谢您的指导!我之前结构有误,应该是1个铜离子,然后自旋多重度改成2就优化成功了。
随后因为铜配位不饱和,在铜离子周围加了2个水分子(溶剂为水),优化了几步,SCF不收敛了

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发表于 Post on 2023-4-23 15:08:16 | 只看该作者 Only view this author
yaoyuan0711 发表于 2023-4-23 07:56
感谢您的指导!我之前结构有误,应该是1个铜离子,然后自旋多重度改成2就优化成功了。
随后因为铜配位不 ...

SCF没有不收敛啊
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-23 15:58:31 | 只看该作者 Only view this author

我上传的文件是没加水分子的,加了水分子的重新提交任务又正常了

还有一个问题请教您,我还算了MIL101(Fe)的MOF分子,其中3个Fe分别是+3价,配位6个对苯二甲酸、2个水分子、1个Cl离子。然后Fe3+的最外层电子是3d5,O2-是弱场配体,如果3个Fe是自旋耦合,自旋多重度是6?如果是反铁磁耦合,自旋多重度是16?

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发表于 Post on 2023-4-23 16:19:26 | 只看该作者 Only view this author
yaoyuan0711 发表于 2023-4-23 08:58
我上传的文件是没加水分子的,加了水分子的重新提交任务又正常了

还有一个问题请教您,我还算了MIL101 ...

反铁磁耦合是6,铁磁耦合是16
“自旋耦合”既包括铁磁耦合也包括反铁磁耦合
把铁磁耦合和反铁磁耦合的定义搞清楚
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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