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从试剂公司获得.sdf格式的小分子化合物库文件，在Linux系统，使用openbabel-3.1.1将.sdf文件转化为mol2文件，再用MGLtools-1.5.6的raccoon.py将总mol2文件转为split的pdbqt文件。以上步骤在其他文件中可以正常转换pdbqt进行Vina批量对接，但是MCE的数据库都报错，不知道该如何修改，求大家帮助！
openbabel转化中报错如下，但是仍可以生成mol2文件。
*** Open Babel Warning in Expand
Alias R was not chemically interpreted
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使用上述生成的mol2文件，raccoon.py转化pdbqt时，可转化一部分小分子文件，随后继续报错。如图比如生成第156个之后error了，我尝试删掉第157个报错的结构，就可以继续转化，随后在下一个报错的文件时卡住。因为要筛选的数量很大，一个一个修改删掉不太现实。
求助一下大佬们，这个是什么结构错误了吗？应该如何修改呢？
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HYL109.sdf
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小分子库文件
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发表于 Post on 2022-9-11 09:06:03
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