求助：想用Gromacs+plumed做一些铁合金相变采样

Lzzaya

个人纯新手，想利用plumed+gromacs做一些铁合金相变的元动力学计算，不知道具不具有可行性？之前主要用VASP，听说gromacs主要用来算蛋白质，所以对这个想法的可行性存在疑问，如果可行在编译gromacs的时候需要注意什么？

sobereva

"gromacs主要用来算蛋白质" 这是严重以讹传讹的说法！

http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html里专门说了

附：GROMACS是什么？适合模拟什么？

GROMACS（http://www.gromacs.org）是最流行的分子动力学模拟程序，用户数目甚至比起其它所有动力学程序总和还要多！GROMACS之所以如此流行，在于它有诸多关键性优点：速度极快（是所有主流动力学程序里基本上最快的）、开源免费、功能全面、十分灵活、用户群庞大（因此有问题很容易得到同行帮助、有同行开发的大量第三方辅助工具可用）。GROMACS是通用目的，对一个体系只要提供了合适的力场（可以是GROMACS自带的、文献中获取的、Sobtop等第三方工具产生的），GROMACS就能模拟，能研究的体系包括但绝不仅限于：气相分子、小分子溶液、离子液体、熔盐、纳米体系、固-液界面、气-液界面、分子晶体、无机矿物、金属、聚合物、蛋白质、核酸、糖类、生物膜。值得一提的是，在网上会看到有某些人声称“GROMACS主要适合的是模拟生物体系”，这完全是以讹传讹，他们对GROMACS就连皮毛程度的认识都没有。GROMACS非常擅长模拟生物分子体系，而生物分子体系绝对不是强大、普适的GROMACS只擅长的。在Google学术搜索上稍微花点时间就会了解到GROMACS研究的体系和问题真是极其广泛。由于GROMACS的前述诸多优点，凡是GROMACS能计算的问题，GROMACS都是绝对优先推荐使用的程序，也因此GROMACS是学习分子动力学模拟最最应当优先掌握的程序。

也应当知道GROMACS有一个明显局限性是不支持模拟动力学过程中共价键形成和断裂的情况，如果要模拟凝聚相体系动力学中涉及化学键改变的问题，可以使用CP2K程序做第一性原理动力学实现。GROMACS还有一个局限性是支持的势函数的类型不是特别多，例如描述Fe等一些金属在文献中没有GROMACS能支持的对势形式，需要用EAM等多体势才行，这在CP2K程序做动力学时可以支持。有这方面研究需求者推荐参加北京科音CP2K第一性原理动力学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html），里面有充分的相关讲解，但在参加CP2K培训之前仍强烈建议先参加一次分子动力学与GROMACS培训班系统性学习一遍动力学模拟的各方面背景知识和相关辅助分析程序的使用，这些关键内容在CP2K培训里不再重复讲授。

铁合金类体系没有GROMACS里适合用的力场。可以用CP2K跑第一性原理动力学，CP2K支持的势函数形式比GROMACS更丰富，也可能有的此类体系的力场能在CP2K里用于跑经典力场动力学。

Lzzaya

sobereva 发表于 2023-5-10 09:53
"gromacs主要用来算蛋白质" 这是严重以讹传讹的说法！

http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.h ...

感谢老师回复，确实之前看了网上的一些说法，是我片面了