已解决：请问Dmol3作业上传服务器后运行一种正常，但outmol输出一直不更新怎么办？

Observer-Aya · 发表于 Post on 2024-6-29 10:15:02

本帖最后由 Observer-Aya 于 2024-7-4 10:54 编辑

昨天计算的时候遇到了一个非常奇怪的问题，就是使用Dmol3几何优化一个在间隙内放置了B原子的Fe2NiB晶胞，在上传到服务器上计算了8小时后发现计算看着在持续进行，但outmol到某个固定的位置就会卡住，不再更新了。也就是说看着在计算，但实际没有计算。
服务器使用的是linux ms2023版，也联系了服务端，基本上排除了服务端和网络的问题。也有尝试上传同样参数设置的类似体系的计算，结果能够正常计算。现在怀疑是模型问题，不过换了没计算优化过的模型也还是有这个问题，就非常奇怪。同样的模型在castep上是能够正常优化的，在本地用dmol3也是正常的。

还望遇到过相同问题的老师慷慨赐教。

在20240702找到了解决方法
解决方法：增大K-point后就能正常计算了，非常奇怪。并且在能正常计算后计算的非常缓慢，在进一步修改参数和spin后依然不能提速。并且经测试，核数大小的改变对该计算的计算速度不能起到提速的作用，现在在用32核计算，这问题真的太奇怪了。

Observer-Aya · 发表于 Post on 2024-6-29 10:15:40

log文件：Message: License checkout of MS_dmol successful
Message: License checkout of MS_dsolid successful
Warning: dspp takes precedence over using symmetrized basis
Warning: at least C1 SYM file should be there for optgeom

Observer-Aya · 发表于 Post on 2024-6-29 10:17:37

outmol文件

Fe2NiB_mp-1105860_primitive.outmol (30.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

Observer-Aya · 发表于 Post on 2024-6-29 10:18:37

input文件

Fe2NiB_mp-1105860_primitive.input (1.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-30 01:21:14

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

Observer-Aya · 发表于 Post on 2024-7-3 09:59:41

sobereva 发表于 2024-6-30 01:21
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必 ...

收到，非常抱歉sob老师

BandageQAQ · 发表于 Post on 2024-11-16 15:18:49

本帖最后由 BandageQAQ 于 2024-11-16 15:42 编辑

楼主您好，看了您上传的outmol文件后，我发现我这边遇到了和您相同的问题。即DMol3模块卡住不进行运算，且没有明显的报错提示。另外，我发现虽然卡住的DMol3正确地占用了CPU，但却没有占用内存。我这边尝试按照您的方法增大了K-point，但仍无法解决问题。另一方面，我发现降低核数时（到物理核心以下）可以正常运算。
同时，相同的模型和参数设置分别在金牌6162（linux）和双路e5-2696（win）的机器上跑了一下，核数设置较多时都能正常计算。我的配置是AMD EYPC 7402*2,256G内存，rocky linux8.1。不知道是硬件问题还是软件问题，请问这个问题您后续还有进一步解决吗？

lwang2016 · 发表于 Post on 2024-11-18 08:35:04

也遇到过这种情况，但我计算的是非周期性模型。不知道如何解决。

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