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[Molclus] 如何用genmer获得不同的Mg团簇构型?

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各位老师好,我想照着《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》这篇文章用molclus程序做团簇构型搜索(没有用分子动力学的部分)。步骤如下:
1、先用Gaussian构建一个9个原子组成的Mg团簇Mg.gif。如图1
2、将Mg.gif用Multiwfn转换为Mg.xyz
3、将genmer.ini内内容修改为图2,执行genmer.exe
4、将traj.xyz导入VMD中,显示图3
5、用traj.xyz中的第一部分团簇坐标如图4,导入Gaussian后写1.gjf,用GaussianView打开后是图5
请问:1、在步骤4图片中是将输出的团簇全部显示出来了,VMD如何逐次显示团簇,获得不同的团簇构型呢?
          2、为什么用genmer生成的团簇与我一开始构建的Mg.gif几乎相似?

1683769239460.png (76.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

图1:Mg.gif

图1:Mg.gif

1683772481332.png (30.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

图2:genmer.ini

图2:genmer.ini

1683769116093.png (120.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

图3

图3

1683769448351.png (99.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

图4:traj.xyz中第一部分坐标

图4:traj.xyz中第一部分坐标

1683769338106.png (146.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

图5

图5

traj.xyz

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发表于 Post on 2023-5-12 12:27:44 | 只看该作者 Only view this author
我不知道你想产生什么结构。如果你的目的是最终产生含有9个Mg的结构不同Mg团簇,Mg.xyz里应当只包含一个Mg原子而不是9个Mg原子,否则你会得到由Mg9产生的n(Mg9)团簇

注意看此文里的大量例子
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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