做出ESP表面极值点之后有的极值点出现能量异常

杨小狗 · 发表于 Post on 2016-7-19 10:55:51

如图：在H17那里的4，正常来说应该是具有很大静电势的点。然而我计算出来的值是-3.449160Kcal/mol，这是为什么呢？是错误的还是因为两边的O16和N9原子的作用。
另外计算得出全局最小点是3（O16附近）最大是5（H21和H22附近）

数据挖掘 · 发表于 Post on 2016-7-19 12:15:39

为什么不用vdw表面？ ρ=0.001au

杨小狗 · 发表于 Post on 2016-7-19 14:09:43

数据挖掘发表于 2016-7-19 12:15
为什么不用vdw表面？ ρ=0.001au

用vmd做的不是很理想，可能是积分网格不够精细

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-20 10:17:04

红球是分子表面极大点，是指的这个点比附近分子表面上的静电势都大，但不代表极大点的静电势就为正。可能是周围原子影响导致4处为负。你可以做个范德华表面静电势填色图来考察一下原因。

杨小狗 · 发表于 Post on 2016-7-20 15:08:05

sobereva 发表于 2016-7-20 10:17
红球是分子表面极大点，是指的这个点比附近分子表面上的静电势都大，但不代表极大点的静电势就为正。可能是 ...

谢谢 sob老师，明白啦我做一个图试试，vmd用的不好，做出的图太丑了。

杨小狗 · 发表于 Post on 2016-7-20 15:09:42

sobereva 发表于 2016-7-20 10:17
红球是分子表面极大点，是指的这个点比附近分子表面上的静电势都大，但不代表极大点的静电势就为正。可能是 ...

我那个考拉图不知道怎么传上来的，很抱歉，sob老师

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