计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 4359|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[NAMD] NAMD力场文件转化GROMACS立场文件求助

[复制链接 Copy URL]

226

帖子

0

威望

878

eV
积分
1104

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
在文献中看到了我想模拟的分子的力场文件,不过作者是用的NAMD,给出的力场文件也是NAMD的格式。我没有了解过NAMD,因此读不懂力场文件信息。不知该如何进行转化,请各位帮忙,感谢感谢。文献力场信息的附件已上传。

1-s2.0-S0167732217351218-mmc2.docx

4.2 MB, 下载次数 Times of downloads: 19

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112374

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-9-12 20:48:30 | 只看该作者 Only view this author
用ParmED可以转换
但在此之前至少应该了解一下NAMD的psf文件、参数文件是什么东西、什么形式,要不然SI里的内容你也看不懂
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

9

帖子

0

威望

33

eV
积分
42

Level 2 能力者

3#
发表于 Post on 2023-5-16 11:40:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-12 20:48
用ParmED可以转换
但在此之前至少应该了解一下NAMD的psf文件、参数文件是什么东西、什么形式,要不然SI里 ...

老师,ParmED可以将CHARMM的力场转换成NAMD的吗?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112374

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2023-5-16 20:48:48 | 只看该作者 Only view this author
lyy043 发表于 2023-5-16 11:40
老师,ParmED可以将CHARMM的力场转换成NAMD的吗?

我不用CHARMM和NAMD,但据我印象中这俩程序的力场参数文件形式是一样的,不需要转换
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

9

帖子

0

威望

33

eV
积分
42

Level 2 能力者

5#
发表于 Post on 2023-5-17 08:21:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-16 20:48
我不用CHARMM和NAMD,但据我印象中这俩程序的力场参数文件形式是一样的,不需要转换

嗯嗯,谢谢老师的解答

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-25 05:21 , Processed in 0.181432 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list