如何构建糖肽链用于模拟

AAA111 · 发表于 Post on 2024-5-8 10:17:26

本帖最后由 AAA111 于 2024-5-8 10:23 编辑

求助，本人想构建糖肽（苏氨酸双糖基化）体系，请问用什么软件可以合成呢，另外这个蛋白的二级结构是PPⅡ螺旋，有没有相关的软件或者程序可以构建呢

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-5-8 13:40:51

本帖最后由喵星大佬于 2024-5-8 13:48 编辑

明显可以，不过需要自己转力场
PPII一般只有聚脯氨酸会有吧
自己设置φ/ψ用DS之结构以构造特定二级结构的肽段

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-8 18:10:10

没有什么专门“合成”的程序。当非标准残基处理

另参考
几种基于氨基酸序列构建很简单蛋白质三维结构的工具
http://sobereva.com/687（http://bbs.keinsci.com/thread-40331-1-1.html）

AAA111 · 发表于 Post on 2024-5-9 15:38:39

喵星大佬发表于 2024-5-8 13:40
明显可以，不过需要自己转力场
PPII一般只有聚脯氨酸会有吧
自己设置φ/ψ用DS之结构以构造特定二级结构 ...

谢谢老师

AAA111 · 发表于 Post on 2024-5-9 15:42:50

sobereva 发表于 2024-5-8 18:10
没有什么专门“合成”的程序。当非标准残基处理

另参考

谢谢老师，不过我看除了GaussView其他似乎都不能构建含糖基的肽链，但GaussView又得手动调节PPⅡ螺旋结构，麻烦得很

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