求助：由于top文件导致MD错误

zhitengcheer · 发表于 Post on 2023-5-15 18:24:44

本帖最后由 zhitengcheer 于 2023-5-15 20:37 编辑

各位老师们，大家好。学生利用packmol生成了一个6nm的立方体盒子，里面含有1500个小分子的.pdb格式模型。再用MS的forcite模块计算电荷输出.mol2格式。再通过sobtop软件输出top格式文件。在对其进行MD时报错，错误有两个，请问我该如何更正？附件分别是我的packmol输入文件、生成的pdb文件、mol2文件,以及top文件。希望各位老师能解答学生的疑惑，不胜感激。

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-15 19:58:22

压缩后的结构文件、mdp都贴出来

zhitengcheer · 发表于 Post on 2023-5-15 20:39:47

sobereva 发表于 2023-5-15 19:58
压缩后的结构文件、mdp都贴出来

sob老师您好，学生已将相应top的压缩文件和mdp文件上传。请您过目。

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-16 21:05:11

当前拓扑文件创建得非常不当
应当对单个分子用sobtop创建输入拓扑文件，并在top里的[molecules]如实指定其数量，而不是对整个盒子直接用sobtop产生拓扑文件。Sobtop网站上http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ4明确说了

再顺带一说，有些零基础的GROMACS初学者，居然试图用Sobtop产生整个模拟体系（含一大堆分子）的拓扑文件，然后直接用GROMACS跑，这种做法是极端野蛮粗暴不可理喻的。这么做可能在Sobtop里耗时很高，而且所有分子的拓扑信息都搅合在一起作为一个[ moleculetype ]出现时会特别难以管理和修改。

北京科音分子动力学与GROMACS培训班的一张ppt也专门说了这个问题，明显右边的写法好

zhitengcheer · 发表于 Post on 2023-5-17 20:55:06

本帖最后由 zhitengcheer 于 2023-5-17 21:38 编辑

sobereva 发表于 2023-5-16 21:05
当前拓扑文件创建得非常不当
应当对单个分子用sobtop创建输入拓扑文件，并在top里的[molecules]如实指定其 ...

sob老师好，谢谢您耐心解答。1：学生根据您提示的方法重新生成了top文件后，进行动力学输出下图错误，学生该如何修正？

2：请问如果是对单个分子进行sobtop创建拓扑文件，并在top里的[molecules]指定数量。那如何使得这些分子都在指定的盒子内？是先用packmol建立一个只含一个分子的盒子，再用sobtop创建拓扑文件？（packmol只能输出pdb文件，如果要导入sobtop软件使用caff力场创建top文件，则还需要mol2格式，学生曾经想用ms加上晶胞后输出发现不支持。请问packmol生成的盒子和晶体中晶胞是有区别的吗？）

附件分别为生成后的top文件、itp文件。

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-18 00:01:54

zhitengcheer 发表于 2023-5-17 20:55
sob老师好，谢谢您耐心解答。1：学生根据您提示的方法重新生成了top文件后，进行动力学输出下图错误，学 ...

用packmol产生实际体系的pdb文件，里面分子数和top里的[molecules]对应上，把这个pdb和top文件结合mdp给grompp产生tpr

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[GROMACS] 求助：由于top文件导致MD错误