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[GROMACS] 求助:如何模拟更贴近无溶剂条件下的主体-配体相互作用?

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楼主
一般模拟的过程是建立好拓扑文件后,构建盒子再进行溶剂化处理,但是我的实验过程是让主体-配体在高压反应釜内反应,整个过程是没有溶剂的,如果我希望模拟这个过程,是单纯不进行solvate就可以吗?还是有别的操作来更贴近整个实验过程呢?谢谢

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发表于 Post on 2023-5-18 18:37:10 | 只看该作者 Only view this author
主体和配体在反应条件下都是液体吗?如果是的话,两者是完全混溶的吗?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2023-5-18 19:50:54 | 只看该作者 Only view this author
直接用packmol创建两种物质的混合体系就完了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html

别教条
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-18 20:27:09 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-5-18 18:37
主体和配体在反应条件下都是液体吗?如果是的话,两者是完全混溶的吗?

反应条件下主体是固态,配体是液态的,主体有疏水性空腔,能够包住配体

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-18 20:27:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-18 19:50
直接用packmol创建两种物质的混合体系就完了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva. ...

好的,我了解下,感谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-18 22:17:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-18 19:50
直接用packmol创建两种物质的混合体系就完了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva. ...

sob老师,模型建立好后,后续还是不太懂要怎么尽量去还原无溶剂过程下的模拟,不用水分子填充能直接进行能量最小化、nvt、npt吗?

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发表于 Post on 2023-5-19 03:10:07 | 只看该作者 Only view this author
sd6512066 发表于 2023-5-18 22:17
sob老师,模型建立好后,后续还是不太懂要怎么尽量去还原无溶剂过程下的模拟,不用水分子填充能直接进行 ...

为什么非得填充水?难道分子动力学研究不了无水的体系?
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-19 09:05:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-19 03:10
为什么非得填充水?难道分子动力学研究不了无水的体系?

谢谢sob老师

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