跑限制性动力学100ps时候报两个原子距离过大的致死性错误

ShineZhu

想请教各位前辈，以下这种报错是由于什么原因导致的？我应该去那个准备文件里面解决这个问题呀，就是为什么出现这种错误？如果直接把盒子变大，这种错误是可以解决的吗？十分感谢



The center of mass of the position restraint coord's is  5.447  5.436  5.435

The center of mass of the position restraint coord's is  5.447  5.436  5.435
Analysing residue names:
There are:   576    Protein residues
There are:     1      Other residues
There are: 39557      Water residues
There are:    11        Ion residues
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group System is 258330.00

The largest distance between excluded atoms is 6.929 nm between atom 78527 and 78528


ERROR 1 [file pr.mdp]:
  The largest distance between excluded atoms is 6.929 nm between atom
  78527 and 78528, which is larger than the cut-off distance. This will
  lead to missing long-range corrections in the forces and energies.

sobereva

上传压缩后的所有拓扑文件和结构文件以及mdp

ShineZhu

好的，非常感谢卢老师的帮助。

Huschein

是你建模的时候这两个原子跑太远了，估计是震荡了吧，好好把初始结构优化好

ShineZhu

Huschein 发表于 2023-6-6 19:05
是你建模的时候这两个原子跑太远了，估计是震荡了吧，好好把初始结构优化好

初始结构优化好的意思是指在能量最小化那一步没有做好对吗？这个蛋白结构因为自己解的有缺失，直接在coot里面将缺失的残基补上的，请问这样会对这个错误是有直接的影响的吗？谢谢您

ShineZhu

Huschein 发表于 2023-6-6 19:05
是你建模的时候这两个原子跑太远了，估计是震荡了吧，好好把初始结构优化好

您好，另外我在system.gro里看下了这两个原子是水分子上的原子。