存在多种配位的情况下如何选择零点进行能垒图的绘制

科研小徐 · 发表于 Post on 2025-12-24 10:11:54

催化剂与底物有多种配位可能，其中与S配位的情况能量最低，所以选择了S配位的展开循环，但发现S配位的整体能量没有炔烃配位的好，那需要以S配位为零点还是以炔配位为零点去做能垒图

yuyangzap · 发表于 Post on 2025-12-24 12:27:31

选择能量低的配位模式作为零点

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-12-24 12:47:29

补充一下，当能量最低结构和自由能最低结构不一致时，应当取自由能最低的结构

科研小徐 · 发表于 Post on 2025-12-24 14:47:20

yuyangzap 发表于 2025-12-24 12:27
选择能量低的配位模式作为零点

好的，谢谢

科研小徐 · 发表于 Post on 2025-12-24 14:52:22

wzkchem5 发表于 2025-12-24 12:47
补充一下，当能量最低结构和自由能最低结构不一致时，应当取自由能最低的结构

好的老师，那还是走S配位的路径吗

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-12-24 20:44:40

科研小徐发表于 2025-12-24 14:52
好的老师，那还是走S配位的路径吗

走什么路径和哪个能量/自由能低是两码事。
例如，反应物RC有两种状态RC1和RC2，过渡态有两种TS1和TS2，G(RC1)<G(RC2), G(TS1)>G(TS2)。则此时RC主要以RC1形式存在，但是有少量RC2，和RC1形成平衡；RC2很容易越过TS2能垒发生反应，拉动RC1<->RC2的平衡。此时你要问走哪个路径，可以有两个回答：（1）走RC2->TS2的路径；（2）走RC1->RC2->TS2的路径。两者都对

科研小徐 · 发表于 Post on 2025-12-25 09:38:54

wzkchem5 发表于 2025-12-24 20:44
走什么路径和哪个能量/自由能低是两码事。
例如，反应物RC有两种状态RC1和RC2，过渡态有两种TS1和TS2，G ...

好的老师，十分感谢！

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