关于进行tleap加氢后原有小分子键断裂的问题请教

小李 · 发表于 Post on 2022-3-17 17:01:11

各位老师前辈大家好，想对于进行tleap加氢后原有小分子键断裂的问题请教gaussain优化后结构，磷（暗金色）和碳链这表的氧连接键长1.7，查到的一般参考p—o键长1.6左右，这时候VMD打开还是连接的

之后进行tleap排序后就断开了，但键长没有改变。

如果继续往后操作进行加水箱以及后续的MD操作，在进行到整体最小化后结构便会不对

请请教一下发生上面情况的原因以及您建议的处理方式。谢谢您

陈英翾 · 发表于 Post on 2023-5-25 14:04:08

您好
请问您这个问题解决了吗
我也碰到了这样的问题

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