Gaussian-XTB接口跑大体系崩溃

风起~ · 发表于 Post on 2023-9-14 14:47:21

最近在使用将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析》发现体系一大就会崩溃，现在上传输入文件，请老师查看一下

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-14 18:29:29

如果小体系能跑，只有大体系失败，照着《将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析》（http://sobereva.com/421》检查xtb的安装。以及测试直接用xtb算这么大体系是否能成功

风起~ · 发表于 Post on 2023-9-14 18:38:05

sobereva 发表于 2023-9-14 18:29
如果小体系能跑，只有大体系失败，照着《将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析 ...

是按照您的教程安装的
而且xtb6.6.1是可以直接运行这么大体系的，能正常结束

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-14 19:03:24

风起~ 发表于 2023-9-14 18:38
是按照您的教程安装的
而且xtb6.6.1是可以直接运行这么大体系的，能正常结束

那就只能自行调试脚本了
脚本没有明确考虑对ONIOM的支持

风起~ · 发表于 Post on 2023-9-14 19:46:23

本帖最后由风起~ 于 2023-9-14 21:50 编辑

sobereva 发表于 2023-9-14 19:03
那就只能自行调试脚本了
脚本没有明确考虑对ONIOM的支持

感谢钟老师的调试，是我的openmp的并行有问题，export OMP_NUM_THREADS=1就可以了

经过测试，这个对xtb的速度影响不大

ggdh · 发表于 Post on 2023-9-14 21:48:24

本帖最后由 ggdh 于 2023-9-14 21:51 编辑

已解决，思路如下
观察报错，发现：
end-of-file during read ....... xtbout 说明xtb的输出有问题。
这时候：
1.首先把xtb.sh 末尾rm那三行注释掉
2.重新运行g16 xxx.gjf，等他报错产生mol.xyz文件
3.手动运行xtb mol.xyz --chrg 0 --uhf 0 --grad 看看发生了什么错误
4.如果是segment fault，可以尝试分别修改下面变量之后再试试
export OMP_NUM_THREADS=1
export MKL_NUM_THREADS=1
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[xtb] Gaussian-XTB接口跑大体系崩溃

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