求助：能量最小化出现一堆pdb

wuxiaofei

我在模拟甲烷与水，进行能量最小化之后出现了一堆如下图的pdb，模拟能够走完，我打开一堆pdb发现结构是原来的一半，但是看轨迹就是完整的，这是什么原因呢？

pal

看看log文件，应该没走完并且有错误信息吧

sobereva

老生常谈的问题
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

wuxiaofei

sobereva 发表于 2023-6-1 23:47
老生常谈的问题
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

老师，我将-ntmpi 2改成了-ntmpi 1解决了里边的结构不再是一半了，但是还是出现一堆pdb文件，在能量最小化过程中有些步数出现了这些警告

1. Step 146, time 0.146 (ps)  LINCS WARNING
   
2. relative constraint deviation after LINCS:
   
3. rms 0.000565, max 0.022227 (between atoms 229 and 230)
   
4. bonds that rotated more than 30 degrees:
   
5. atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
   
6.     229    230   33.3    0.0963   0.0978      0.0957
   
7.     229    231   30.9    0.0967   0.0969      0.0957
   
8. Step=  146, Dmax= 3.9e-02 nm, Epot= -4.65598e+04 Fmax= 2.71119e+03, atom= 229

复制代码

我之前也利用过这两个itp文件做其他模拟，没有出现问题，所以我认为itp文件没有问题。