计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 167|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 求助DFT/TDDFT下single-electron-transfer(SET)的计算内容

[复制链接 Copy URL]

6

帖子

0

威望

103

eV
积分
109

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 Jayna 于 2026-1-10 13:43 编辑

我是新手小白,确定了体系后自己通过文献、公社帖子和sob老师的博文学习了很多,最近学得非常吃力和迷茫,遂求助各位老师同学~

反应过程是:Cat[Fe(II)]和有机物(3a)两分子之间结合发生单电子转移(SET),有机物(3a)往Cat[Fe(II)]上转移一个电子,生成Cat[Fe(I)]和自由基(3a+),随后3a+自由基脱掉一个H+形成中性自由基(3a`)

我目前的计算为:
(1)计算基态和激发态几何结构,Cat[Fe(II)]、3a、Cat[Fe(II)]-3a聚合物、Cat[Fe(I)],来判断Cat[Fe(II)]的激发方式和Cat[Fe(II)]-3a聚合物的作用方式(pipi堆积?偶极-偶极相互作用?…)
(2)计算自由基,3a+、3a`的激发态几何结构;3a+单点能、3a`加H+单点能

拟进行的计算:SET速率,这里要计算三个参数分别是重组自由能、Gibbs自由能变、初始状态和最终状态之间的电子耦合。
(1)重组自由能参照:http://sobereva.com/330
(2)Gibbs自由能变参照:http://sobereva.com/327;http://sobereva.com/552

遇到的的问题:
(1)Cat[Fe(II)]的基态在自旋多重度为1、3、5优化成功,其中Cat[Fe(II)]自旋多重度为5的能量最低。Cat[Fe(II)]激发态只有自旋多重度为1的几何优化成功,自旋多重度为3和5根据sob老师帖子【解决SCF不收敛问题的方法】在逐一和组合尝试一直未成功(后附文件),目前正在进行用开壳层读取闭壳层收敛的波函数且stable=opt,随后再进行opt TD计算。
(2)Cat[Fe(II)]-3a聚合物(后续称polymer)激发态的几何结构优化失败情况同Cat[Fe(II)]。
(3)请问我该从什么角度去分析和解释”3a+自由基脱掉一个H+形成中性自由基(3a`)”呢?有没有可借鉴的文献或博文呢?
(4)我对于SET速率的计算思路是正确的嘛?”初始状态和最终状态之间的电子耦合”这个问题我看了论坛和一些文献始终没有清晰的思路,是否有较为全面成体系的文献或者博文呢?

小说明:Cat[Fe(II)]有71个原子;polymer有108个原子;GS为Ground State,ES为Excited State。

恳请各位老师同学给予我一些解答,不胜感激~(我确实是最近脑子迷迷糊糊的了,也学得有点不自信了)

Cat[Fe(II)].zip

4.27 MB, 下载次数 Times of downloads: 1

polymer.zip

3.5 MB, 下载次数 Times of downloads: 0

1万

帖子

0

威望

9739

eV
积分
21935

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2026-1-11 10:02:36 | 只看该作者 Only view this author
这种体系你确定TDDFT能算准?起码单点能得用NEVPT2吧
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6

帖子

0

威望

103

eV
积分
109

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-11 11:37:21 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2026-1-11 10:02
这种体系你确定TDDFT能算准?起码单点能得用NEVPT2吧

王老师好,综合权衡计算量和精度目前的想法是该SET过程都在DFT/TDDFT下算,几何优化采用PBE1PBE/def2svp水平,单点能采用PBE1PBE/def2tzvp。计算资源挺紧张的,再加上面临毕业压力,确实也很难再提高精度了。
此外3a有机物有光异构化的过程是在CASSCF下计算的。

6

帖子

0

威望

103

eV
积分
109

Level 2 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-11 11:38:02 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2026-1-11 10:02
这种体系你确定TDDFT能算准?起码单点能得用NEVPT2吧

王老师,还有一个问题详情请教您,为什么TDDFT会算不准呢?偏差会很大嘛?

1万

帖子

0

威望

9739

eV
积分
21935

Level 6 (一方通行)

5#
发表于 Post on 2026-1-11 20:09:01 | 只看该作者 Only view this author
Jayna 发表于 2026-1-11 11:38
王老师,还有一个问题详情请教您,为什么TDDFT会算不准呢?偏差会很大嘛?

Fe配合物一般都有强相关,有的静态相关性质不是太强的,DFT有的泛函能算准,但难以事先知道是哪一个,比如有的B3LYP准而TPSSh不准,有的TPSSh准而B3LYP不准;静态相关性质稍强的,所有泛函都不够准,但CCSD(T)还可以;再强的,必须用多参考方法,如NEVPT2。CASSCF不要盲目相信,因为缺乏动态相关。
以上是针对基态,激发态更是重灾区,别的不说,单是一个自旋污染问题就导致一般程序的TDDFT结果都不可靠。参见https://mp.weixin.qq.com/s/er7-XOt0MfLrN_-5itZEwQ
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6

帖子

0

威望

103

eV
积分
109

Level 2 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-12 14:20:34 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2026-1-11 20:09
Fe配合物一般都有强相关,有的静态相关性质不是太强的,DFT有的泛函能算准,但难以事先知道是哪一个,比 ...

好的呢感谢王老师解答,我还有一个问题,针对SET过程我的计算思路和计算内容是对的吗?您有什么建议吗?

1万

帖子

0

威望

9739

eV
积分
21935

Level 6 (一方通行)

7#
发表于 Post on 2026-1-13 08:56:38 | 只看该作者 Only view this author
Jayna 发表于 2026-1-12 14:20
好的呢感谢王老师解答,我还有一个问题,针对SET过程我的计算思路和计算内容是对的吗?您有什么建议吗?

可以。电子耦合尽量用多参考方法算
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6

帖子

0

威望

103

eV
积分
109

Level 2 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-13 14:50:35 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2026-1-13 08:56
可以。电子耦合尽量用多参考方法算

好的呢,感谢王老师解答,老师还有什么博文或者帖子或者文献推荐阅读的嘛?

1万

帖子

0

威望

9739

eV
积分
21935

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2026-1-13 16:11:16 | 只看该作者 Only view this author
Jayna 发表于 2026-1-13 14:50
好的呢,感谢王老师解答,老师还有什么博文或者帖子或者文献推荐阅读的嘛?

http://dx.doi.org/10.1021/acs.chemrev.8b00244里搜electronic coupling
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-24 00:59 , Processed in 0.176499 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list