如何保持一组分子的拓扑刚性

mol · 发表于 Post on 2023-6-5 10:21:52

各位前辈好，小弟想模拟溶液中的两个胶束，第一阶段需要先让每个胶束的整体保持自身的拓扑刚性结构，同时能在水中自由运动，请问应该如何实现？

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-6 09:46:43

先看直接模拟时胶束的动力学行为，根据实际情况在必要的地方加一些距离限制保持刚性。令胶束的一些原子间用更大的LJ势阱深度可能也有助于保持结构刚性

mol · 发表于 Post on 2023-6-6 21:11:24

sobereva 发表于 2023-6-6 09:46
先看直接模拟时胶束的动力学行为，根据实际情况在必要的地方加一些距离限制保持刚性。令胶束的一些原子间用 ...

sob老师好，目前我是尝试通过在top文件里添加[ intermolecular_interactions ]施加原子间距离的限制保持整体结构刚性，即每个分子中选取四个原子，和胶束中的所有其他分子中的四个原子施加距离限制，但是一跑就segmentation fault，减少距离限制的数目，改成和临近的三个分子中的四个原子施加距离限制后能正常跑，但是胶束的整体拓扑结构会变，不知下一步如何调整了。

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-7 09:36:42

mol 发表于 2023-6-6 21:11
sob老师好，目前我是尝试通过在top文件里添加[ intermolecular_interactions ]施加原子间距离的限制保持 ...

距离限制力常数设小点、步长设小点再试

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