怎么修改脚本可以导出显示粒子运动轨迹及原分子为pdb文件

landian666

显示粒子运动轨迹的VMD脚本
http://sobereva.com/65


在利用上面方法绘制出一个原子的轨迹后，如下图，怎么修改脚本可将图中红色轨迹以及原始的分子导出一个pdb文件？以便之后可以直接导入这个pdb观看整个原分子构型和红色轨迹。

lyj714

我记得你之前sob老师不是回复过你吗。直接输出成xyz格式，顶多改一下原子数目。不要自己puts成pdb格式，因为pdb格式的每一列和列宽是有严格定义的，如果你不了解输出的pdb格式就不对。

landian666

lyj714 发表于 2023-6-13 23:12
我记得你之前sob老师不是回复过你吗。直接输出成xyz格式，顶多改一下原子数目。不要自己puts成pdb格式，因 ...

是呀，自己尝试写了一个没搞定，如下，还请不吝赐教。多谢！
proc showtrj {fps1 fps2 space selection output} {
    set selnow [atomselect top $selection frame $fps1]
    set selnext [atomselect top $selection frame $fps1]
    set num [$selnow num]
   
    set outfile [open $output w]
   
    for {set fps $fps1} {$fps < $fps2} {incr fps $space} {
        $selnow frame $fps
        $selnext frame [expr $fps + $space]
        $selnow update
        $selnext update
        
        puts $outfile "MODEL        $fps"
        for {set i 0} {$i < $num} {incr i 1} {
            set x [lindex [$selnext get x] $i]
            set y [lindex [$selnext get y] $i]
            set z [lindex [$selnext get z] $i]
            set atomname [lindex [$selnext get name] $i]
            set resid [lindex [$selnext get resid] $i]
            set segname [lindex [$selnext get segname] $i]
            draw line [lindex [$selnow get {x y z}] $i] [lindex [$selnext get {x y z}] $i]
            draw sphere [lindex [$selnext get {x y z}] $i] radius 0.12
            puts $outfile "ATOM  $i  $atomname  $segname  $resid  $x  $y  $z  1.00  0.00"
        }
        puts $outfile "ENDMDL"
        
        puts "Frame $fps done"
    }
   
    close $outfile
}

lyj714

landian666 发表于 2023-6-14 10:03
是呀，自己尝试写了一个没搞定，如下，还请不吝赐教。多谢！
proc showtrj {fps1 fps2 space selection  ...

1. puts $outfile "ATOM  $i  $atomname  $segname  $resid  $x  $y  $z  1.00  0.00"

复制代码

这就有问题啊，我前面都已经说了你不要出输出pdb，你这根本就是错误的pdb格式，根本没有按照标准的pdb格式输出，你为什么还要用。

landian666

lyj714 发表于 2023-6-14 10:38
这就有问题啊，我前面都已经说了你不要出输出pdb，你这根本就是错误的pdb格式，根本没有按照标准的pdb ...

proc showtrj {fps1 fps2 space selection output} {
set selnow [atomselect top $selection frame $fps1]
set selnext [atomselect top $selection frame $fps1]
set num [$selnow num]

set outfile [open $output w]

for {set fps $fps1} {$fps < $fps2} {incr fps $space} {
    $selnow frame $fps
    $selnext frame [expr $fps + $space]
    $selnow update
    $selnext update

    puts $outfile "$num"
    puts $outfile "Frame $fps"
    for {set i 0} {$i < $num} {incr i 1} {
        set x [lindex [$selnext get x] $i]
        set y [lindex [$selnext get y] $i]
        set z [lindex [$selnext get z] $i]
        set atomname [lindex [$selnext get name] $i]

        draw line [lindex [$selnow get {x y z}] $i] [lindex [$selnext get {x y z}] $i]
        draw sphere [lindex [$selnext get {x y z}] $i] radius 0.12

   
        puts $outfile "$atomname $x $y $z"
    }
    puts $outfile ""

    puts "Frame $fps done"
}

close $outfile

}

修改了一下如上，现在的问题是
1、没有把每一个红色的轨迹点都输出，只输出了一部分。
2、没有输出轨迹红点间的连线。
3、没有输出原始的分子构型。

想请教一下还需如何修改可以解决上述三个问题，感谢！！！

landian666

landian666 发表于 2023-6-14 13:13
proc showtrj {fps1 fps2 space selection output} {
set selnow [atomselect top $selection frame $fp ...

修改了一下脚本，可以成功导出每一个轨迹点的xyz格式的文件，方便作图和测量，供大家参考。

用法为：showtrj 0 1001 10 "resname LIG and name O1" "/path/1.xyz”
可以导出LIG上O1所有的轨迹点。

proc showtrj {fps1 fps2 space selection output} {
    set selnow [atomselect top $selection frame $fps1]
    set num [$selnow num]

    set outfile [open $output w]

    puts $outfile [expr {$num *(int(($fps2 - $fps1) / $space) + 1)}]
    puts $outfile "Merged Frame"

    for {set i 0} {$i < $num} {incr i 1} {
        set x [lindex [$selnow get x] $i]
        set y [lindex [$selnow get y] $i]
        set z [lindex [$selnow get z] $i]
        set atomname [lindex [$selnow get name] $i]
        puts $outfile "$atomname $x $y $z"
    }

    for {set fps [expr $fps1 + $space]} {$fps < $fps2} {incr fps $space} {
        $selnow frame $fps
        $selnow update

        for {set i 0} {$i < $num} {incr i 1} {
            set x [lindex [$selnow get x] $i]
            set y [lindex [$selnow get y] $i]
            set z [lindex [$selnow get z] $i]
            set atomname [lindex [$selnow get name] $i]
            puts $outfile "$atomname $x $y $z"
        }
    }

    close $outfile
    puts "Merged frame generated."
}