求助，如何把两种分子放一起进行团簇分析？

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2022-3-9 17:43:08

请问，gromacs clustsize 可以把两种分子放到一起进行团簇分析吗？我要模拟的是两种烷烃分子聚集在一起形成的团簇。计算这两种分子共同形成的团簇数目的变化变化，请问可以实现吗？谢谢

lyj714 · 发表于 Post on 2022-3-9 18:08:49

显然不行。vmd写tcl脚本分析应该可以。

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2022-3-9 19:56:27

lyj714 发表于 2022-3-9 18:08
显然不行。vmd写tcl脚本分析应该可以。

好的.谢谢你

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-9 21:53:13

gmx clustsize可以给你簇的数目随时间的变化。但如果你需要更具体的分析，比如纯A的簇、纯B的簇、AB同时出现的簇的数目分别得到，gmx clustsize不行

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2022-3-10 16:19:49

sobereva 发表于 2022-3-9 21:53
gmx clustsize可以给你簇的数目随时间的变化。但如果你需要更具体的分析，比如纯A的簇、纯B的簇、AB同时出 ...

老师，我是想分析A和B两种分子同时出现时所形成的簇的数目（即当AA，AB或BB，任意两种分子之间的距离小于一定程度时，即认为他们形成了团簇）。请问gmx clustsize是不是不能实现？
（目前，我看在进行gmx clustsize分析时，只能选择一种分子所形成的的团簇）

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-10 21:54:48

ONTHEWAY 发表于 2022-3-10 16:19
老师，我是想分析A和B两种分子同时出现时所形成的簇的数目（即当AA，AB或BB，任意两种分子之间的距离小 ...

不能实现

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2022-3-11 11:07:01

sobereva 发表于 2022-3-10 21:54
不能实现

好的谢谢您

脏脏阳 · 发表于 Post on 2023-6-13 23:20:28

我在用gmx clustsize的时候会遇到这样的报错：Fatal error:
Lo: 0.000000, Mid: 1.000000, Hi: 1.000000，请问应该怎么解决呢

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