求助在使用pdb2gmx命令时报错 atom H5'2 is missing in residue DT 0 in the pdb file

HYUAN · 发表于 Post on 2023-6-14 22:15:56

老师好，我在使用GROMACS的pdb2gmx命令时输入以下命令：
gmx pdb2gmx -ter -f APT13.pdb -o APT1.gro -water tip3p -ff amber14sb_OL15
之后出现报错：
WARNING: atom H5'2 is missing in residue DT 0 in the pdb file
You might need to add atom H5'2 to the hydrogen database of building block DT5
in the file amber14sb_OL15.ff/dna.hdb (see the manual)

我对应了APT13.pdb文件中的原子名称和拓扑文件中dna.rtp的原子名称，是完全一致的，这里提示dna.hdb的文件中缺少H5'2，是需要把H5'2加入这个文件中吗，但是我用其他的DNA来运行这个命令的时候并不会报这个错误，所以我认为这个问题应该跟dna.hdb文件是无关的，但是又不知道具体错误出在哪里了，希望老师可以帮我看看这个是什么问题，附件是输入的DNA的.pdb文件，以及拓扑文件中的dna.hdb文件和dna.rtp文件

APT13.pdb (53.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

dna.hdb (3.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

dna.rtp (29.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-14 23:22:49

凡是输入的结构文件里有氢的，若无特殊情况，总带上-ignh

HYUAN · 发表于 Post on 2023-6-15 09:02:57

sobereva 发表于 2023-6-14 23:22
凡是输入的结构文件里有氢的，若无特殊情况，总带上-ignh

好的好的，感谢Sob老师，加上之后果然运行成功了！

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助在使用pdb2gmx命令时报错 atom H5'2 is missing in residue DT 0 in the pdb file

浏览过的版块