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[综合交流] 求助算有机分子的酸电离能力的隐式溶剂化模型参数设置

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最近在算有机分子的酸电离能力,需要计算该分子和去掉一个H后阴离子的吉布斯自由能,采用的泛函和基组是M05-2X/TZVP,在对溶剂—煤油进行参数设置时,只找到了静/动态介电常数,计算文件如下图所示(阴离子结构,删除了一部分原子)。所以,想问下各位老师:1)采用的泛函和基组是否合理(初级资料上写了M05-2X是计算溶解自由能精度最高的泛函)?2)电荷和自旋多重度设置的正确嘛?3)看了一些sob老师发布的有关溶剂化参数的博文,想问下老师,只设置eps和epsinf得出的结果可信嘛,或者作为论文数据发表时,会被别人质疑嘛?

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发表于 Post on 2023-6-14 19:38:49 | 只看该作者 Only view this author
课上以及下文都非常明确说了,M05-2X仅仅是用于M05-2X/6-31G*级别下结合SMD算溶解自由能才用得着的,其它任何情况都没有丝毫理由用M05-2X。绝对不把M05-2X的适用场合泛化
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html

算阴离子体系的电子能量显然得带弥散函数

写formcheck毫无意义,北京科音初级量子化学培训班里从来没让学员用这个关键词。写tight完全莫名其妙,培训里和上文也都说了,opt freq过程不推荐用SMD,而且结合本来对积分格点就敏感的M05-2X更是容易造成小虚频。

别在输入文件里乱空行,坐标后面只能空一行,空那么多只会导致自定义溶剂信息根本不读入。

好好一个字一个字复习初级量子化学培训班讲义,犯的错误太多了


另外,有机酸能在煤油中解离质子?

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-14 20:04:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-14 19:38
课上以及下文都非常明确说了,M05-2X仅仅是用于M05-2X/6-31G*级别下结合SMD算溶解自由能才用得着的,其它任 ...

感谢sob老师的回复
泛函和基组用B3LYP/6-31+G*可以吧?
OPT FREQ过程用IEFPCM更佳嘛?
formcheck一直带着怕到时会绘制表面静电势
因为删掉了一些原子坐标,所以空的行有些多了,正常计算时没有的老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-14 20:09:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 csu-77 于 2023-6-14 20:27 编辑
sobereva 发表于 2023-6-14 19:38
课上以及下文都非常明确说了,M05-2X仅仅是用于M05-2X/6-31G*级别下结合SMD算溶解自由能才用得着的,其它任 ...

有机酸能在煤油中解离质子?至于这个问题,我是按照一篇文献算的sob老师——J. Phys. Chem. A 2017, 121, 2531−2543,一般在实验里用煤油作为稀释剂去制备新鲜的有机相

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发表于 Post on 2023-6-16 11:12:06 | 只看该作者 Only view this author
csu-77 发表于 2023-6-14 20:04
感谢sob老师的回复
泛函和基组用B3LYP/6-31+G*可以吧?
OPT FREQ过程用IEFPCM更佳嘛?

B3LYP/6-311G*
显然用默认的IEFPCM
又不是不能用formchk转
描写提问内容时不要产生任何可能的歧义。输入文件能上传的直接上传,别截图,特别是私自改完了还不说,等于是耍人
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