求助：在gromacs中采用enforced rotation来模拟溶液搅拌

13607155646

各位老师好，我想对聚合物水溶液的浆料的物理搅拌过程进行模拟，之前看到了sob老师的回答：在gromacs中可以采用enforced rotation来实现，关于模拟搅拌这个过程我有以下几个问题：

①我的想法是，选取溶液中所有聚合物为一个索引组，再让它们围绕正方体盒子的某一方向中心轴来旋转，不知道这样的策略，是否能够和实验中的搅拌对应上。

②由于这样的模拟过程伴随着整体结构的不稳定，如果长时间跑就会报错，因此我的策略是，跑一段时间的“搅拌”，再跑一小段时间的npt弛豫，这样就能使搅拌过程的时间尺度变长，同样不知道这种策略是否合理。

不知道大家有没有类似的“搅拌”过程模拟的经验，如果有其他的策略还望不吝赐教！

Graphite

实验尺度上旋转，在微观上几乎是平动，可以考虑下模拟层流的合理性。
实操上，gromacs不知道，但流体受迫运动在LAMMPS上倒是很经典、容易实现的。
指定选区，里面的分子（动态指定），按照一定规则add force或者add velocity就可以了。
另外不管什么软件，设置搭配合理、速度加的不太多（比如10 m/s以内）其实没那么容易崩。

13607155646

Graphite 发表于 2023-10-24 21:05
实验尺度上旋转，在微观上几乎是平动，可以考虑下模拟层流的合理性。
实操上，gromacs不知道，但流体受迫 ...

感谢您的回复！再请教您一下，那是不是分子尺度的这种平动无法和实验中的搅拌速度数值上联系起来

Graphite

13607155646 发表于 2023-10-25 09:20
感谢您的回复！再请教您一下，那是不是分子尺度的这种平动无法和实验中的搅拌速度数值上联系起来

可以联系起来，1 m/s就是1 nm/ns。
10×10×10 nm的周期性水盒子，一端用1 nm/ns的速度拉动，跑个100 ns，刚好拉10轮。拿好点显卡算，差不多半天时间就算完了。