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[xtb] xtb优化后isotat优化不合理

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我对基于Y6的二聚体进行构象搜索,在服务器使用crest调用xtb来优化,分别在GFN0-xTB级别、GFN2-xTB级别,在GFN2-xTB级别进行完之后用isostat进行优化去重排序,有一些不应该连在一起的两个原子有了键,这个是为什么?在GFN2-xTB级别得到的分子还是正常的,就是用isostat进行优化去重排序之后,就形成了一些不应该有的键。就是Y6分子的CN键和另外一个Y6的CN键连在一起了。


202509171608459294..png (155.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

isostat第二帧

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isostat第一帧

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发表于 Post on 2025-9-18 02:44:48 | 只看该作者 Only view this author
仔细看下文,搞清楚VMD怎么判断的成键关系便知。是对于xyz第一帧判断的
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-18 16:34:26 | 只看该作者 Only view this author
好的 谢谢

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