求助packmol把聚氧化乙烯分子塞到盒子中的问题

Chy919

老师，我用packmol把40个聚合度为25的聚氧化乙烯分子塞到一个边长为40的立方体盒子中。但是运行之后迭代一直进行不停止。在迭代200次之后又从0开始继续迭代，请问这是为什么
以下是我的输入文件

# 40 PEO chains with 25 monomers each are packed in cell

tolerance 2.0
output APEO.pdb
filetype pdb

structure PEO.pdb
   number 40
   inside cube 0. 0. 0. 40.
end structure

sobereva

信息不充分，把结构文件传上来

极大概率是分子太大、盒子太小，迭代半天也找不到满足条件的插入方式。如果就是这种情况，把盒子弄得更大，然后跑NPT使盒子自发收缩到合适

Chy919

确实，我把盒子尺寸调整到200之后循环了26次就success了。谢谢sob老师