高斯建模聚合物的几个问题

lixiaoxiao · 发表于 Post on 2022-4-20 11:15:26

您好老师：
高斯建模聚合物存在几个问题想要请教一下老师。我建模的聚合物如图一所示，我也仔细看了GaussView PBC Tutorials，感觉问题存在1-9和1-10选择原子的时候，其他步骤都是严格按照教程。1-9和1-10选择原子的时候我也试了很多，其中1-9选择H11,1-10选择H46最接近想要的结果，但多一个氢。这其中存在什么问题呢？1-9和1-10选择原子的时候应该按什么原则？谢谢老师了

图一:建模的聚合物图二：聚合物的单体图三：1-9选择H11,1-10选择H46所得的聚合物图四：教程中的1-9和1-10

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-4-20 15:10:19

老生常谈问题：不要用高斯做PBC计算，因为高斯的PBC功能太渣了，远远配不上高斯算分子的名声。。。

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-20 18:23:12

wzkchem5 发表于 2022-4-20 15:10
老生常谈问题：不要用高斯做PBC计算，因为高斯的PBC功能太渣了，远远配不上高斯算分子的名声。。。

其实GaussView对周期性体系建模方面做得还可以，只不过Gaussian的PBC做得实在烂得离谱，导致GaussView的PBC建模方面功能的价值被严重忽视了。
GaussView对周期性建模后保存成含有晶胞矢量和原子坐标的gjf文件，然后用Multiwfn载入，按下文产生CP2K输入文件，我觉得相当方便。
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

GaussView这么构建完聚合物，给sobtop用，来产生GROMACS的模拟聚合物的拓扑文件，也有一定用处。

lixiaoxiao · 发表于 Post on 2022-4-20 20:48:57

sobereva 发表于 2022-4-20 18:23
其实GaussView对周期性体系建模方面做得还可以，只不过Gaussian的PBC做得实在烂得离谱，导致GaussView的P ...

好的，谢谢老师，我再研究研究

lixiaoxiao · 发表于 Post on 2022-4-21 14:47:12

老师您好：
我构建出了这个聚合物，但老是报错： DSDGMF failed for ItDFit.
Error termination via Lnk1e in /home/cfang/bin/g16/l502.exe at Wed Apr 20 18:54:36 2022.

这是为什么呢？输入和输出文件都已上传。

cheng1234 · 发表于 Post on 2023-6-30 17:46:48

lixiaoxiao 发表于 2022-4-21 14:47
老师您好：
我构建出了这个聚合物，但老是报错： DSDGMF failed for ItDFit.
Error termination via Lnk ...

您好！请问您这个分子怎么构建出来的，可以指导一下我吗？谢谢您！

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