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[GROMACS] 求助:蛋白双配体复合物在正己烷-水两相中的MD

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各位老师好!我最近在做蛋白双配体复合物在正己烷-水两相中的MD,根据实验所用的溶剂(2%水合的正己烷)计算了相应的正己烷和水的分子数,用packmol构建了盒子并把蛋白-配体复合物放在了盒子的中心,想请教一下可以用这个结构直接去跑MD吗?我一般用的力场是Gromos54a7,我的水分子和正己烷都是在PubChem上面下载的,如果我用这个模型进行MD的话水分子的类型会不会在此力场下面不识别呀?下面是我构建的复合物pdb,麻烦各位老师帮忙看一下,谢谢谢谢谢!

mix-hexane-water-protein.zip

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发表于 Post on 2023-7-2 11:12:15 | 只看该作者 Only view this author
结构离谱,用VMD看一眼便知,原子间距离太近了

模型和力场是两码事
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-2 13:24:38 | 只看该作者 Only view this author
好的老师,我是不是得把tolerence2.0增大呀?调整到多少合适呢?第一次做有点懵

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-2 13:26:16 | 只看该作者 Only view this author
这是packmol我用的参数,麻烦老师帮我看一下,谢谢谢谢谢!

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