isostat程序的去重阈值设置及后续高精度结构优化选择的结构数量

xiewei · 发表于 Post on 2024-5-19 19:06:06

本帖最后由 xiewei 于 2024-5-19 19:08 编辑

老师请问我想做分子团簇结构搜索来找到最稳定的一个结构，我生成1000个初始结构后用xtb在GFN2-xTB下进行了优化，后面通过isostat用0.5的能量和几何去重阈值进行结构的去重，但是获得的结构数量还是有上百个，那么我想再用B3LYP/6-31G* em=GD3BJ opt freq进行进一步的结构优化的话，需要选择多少个GFN2-xTB初步优化后的能量较低的结构进行DFT的结构优化。我现在是保留所有相对能量<=4的结
构，大约有50多个，进行了B3LYP/6-31G* em=GD3BJ opt freq的计算，但是发现计算的时间挺长的。

同时还想问一下我的目的是为了找到分子团簇的最优的结构而不是为了找到不一样的构型那么在用xtb初步优化后的isostat去重阈值的设置是否可以设置的宽一点，可以设置成多少。

我目前计算的体系原子数在50多个，计算条件可以用40个核，后续需要计算的体系会达到上百个。

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-20 02:27:57

保留<=2.5或3 kcal/mol的

一般不建议把阈值设成isostat默认的两倍以上的值。本来GFN-xTB级别的能量、结构明显不一样的话，进一步DFT优化就有可能会得到能量明显不同的结构

xiewei · 发表于 Post on 2024-5-20 11:31:42

sobereva 发表于 2024-5-20 02:27
保留

老师您的意思是保留<=2.5或3 kcal/mol的结构都进行DFT计算吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-21 01:07:26

xiewei 发表于 2024-5-20 11:31
老师您的意思是保留

是

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[Molclus] isostat程序的去重阈值设置及后续高精度结构优化选择的结构数量