关于电脑核数分配问题请教

a-Student

各位老师，打扰下，请问电脑共80核160线程，2个gpu，两个人使用gromacs计算，每人如何分配合适呢？
目前是
A：gmx mdrun -v -deffnm md -ntmpi 1 -ntomp 40 -pinoffset 0 -pme gpu -npme 1 -nb gpu -gpu_id 0
B：gmx mdrun -v -deffnm md -ntmpi 1 -ntomp 40 -pinoffset 40 -pme gpu -npme 1 -nb gpu -gpu_id 1
每人是不是可以平均分40核，80线程，那是不是可以写成
A：gmx mdrun -v -deffnm md -ntmpi 1 -ntomp 80 -pinoffset 0 -pme gpu -npme 1 -nb gpu -gpu_id 0
B：gmx mdrun -v -deffnm md -ntmpi 1 -ntomp 80 -pinoffset 80 -pme gpu -npme 1 -nb gpu -gpu_id 1


2.超核工作，会对服务器有什么害处么？
对电脑还不太熟悉，请老师指教。谢谢

sobereva

1是得当做法，不要用2
对硬件没损害

a-Student

sobereva 发表于 2024-1-3 02:10
1是得当做法，不要用2
对硬件没损害

谢谢老师，再麻烦您下，如果是4个人使用的话，这样分配可以么？
A：gmx mdrun -v -deffnm md -ntmpi 1 -ntomp 40 -pinoffset 0 -pme gpu -nb gpu -gpu_id 0
B：gmx mdrun -v -deffnm md -ntmpi 1 -ntomp 40 -pinoffset 40 -pme gpu -nb gpu -gpu_id 0
C：gmx mdrun -v -deffnm md -ntmpi 1 -ntomp 40 -pinoffset 80 -pme gpu -nb gpu -gpu_id 1
D：gmx mdrun -v -deffnm md -ntmpi 1 -ntomp 40 -pinoffset 120 -pme gpu -nb gpu -gpu_id 1

snljty2

第一个用法，你开了HT，B的-pinoffset通常应该是80。具体你装个htop命令，随便跑几个试一下就明白了。注意htop（至少我用的版本）的输出第1列和第3列都是第1块CPU，第2列和第4列都是第2块CPU，而且第1列和第3列对应的位置代表同一个物理核心的两个逻辑核心，这点你可以跑个Gaussian 16任务，然后用%CPU设置内核绑定和用%NProcShared不设定内核绑定来确认。-pinoffset至少在我这边的电脑上是按照htop显示的第1-3-2-4列顺序的，所以绑定到第2块CPU上应该是-pinoffset 80而不是40。考虑到频率上不去，给的核再多效果也有限，很快达到饱和，我估计这里用上超线程给gmx的意义不大。另外注意确认一下哪块CPU和哪块GPU是直连不经过芯片组的，如果交叉了性能会明显下降，实测一下便知。