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[GROMACS] 求助:由RDF计算配位数积分上限如何取?

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VMD分析得出了RDF曲线,详见下图,在3A附近有一个明显的峰,想计算此峰对应的配位数。参考相关教材上的内容:积分极限应该从r=0到径向分布函数g(r)的第一个极小点位置rmin。但该峰值后,并未出现明显的极小点。求问:此时积分上限应该怎么取?


希望能得到各位前辈的解答。谢谢!

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发表于 Post on 2023-7-5 19:18:16 | 只看该作者 Only view this author
VMD分析RDF的时候选上Display int(g(r))

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-5 22:52:37 | 只看该作者 Only view this author
Jotaro 发表于 2023-7-5 19:18
VMD分析RDF的时候选上Display int(g(r))

是的 我确实是这样做的 但是我想指导这个峰值对应的配位数 不知道r应该取多少

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发表于 Post on 2023-7-6 10:27:14 | 只看该作者 Only view this author
xjtu_zk 发表于 2023-7-5 22:52
是的 我确实是这样做的 但是我想指导这个峰值对应的配位数 不知道r应该取多少

这不就是极小点

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-10 11:02:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-6 10:27
这不就是极小点

社长,这个峰很弱,我主要考虑的是后面那个比较强的峰

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发表于 Post on 2023-7-11 11:17:24 | 只看该作者 Only view this author
xjtu_zk 发表于 2023-7-10 11:02
社长,这个峰很弱,我主要考虑的是后面那个比较强的峰

可以取基本收敛到1的位置(6埃左右)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-11 14:29:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-11 11:17
可以取基本收敛到1的位置(6埃左右)

好的,感谢社长。

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