求助：求解某段区域的介电常数

wuxiaofei · 发表于 Post on 2023-6-12 19:06:05

我利用gmx current可以求解整个区域某个分子的介电常数，但是我想求解沿z轴某段区域水分子的介电常数，我利用VMD的命令resname SOL and z <21 and z>12选中这个区域的水分子，导出.gro文件，我也更新每一帧了，但是更新出来的.gro除了第一帧不变样，其他帧都不再是我选择的区域。求助各位老师怎么求解这一段区域内的介电常数

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-13 12:15:47

轨迹文件要求每一帧的原子都相同，动态选区的选择语句仅对于保存的第一帧判断原子。靠gmx current没戏，自己写个VMD tcl脚本实现计算大抵可行

wuxiaofei · 发表于 Post on 2023-6-13 15:51:45

sobereva 发表于 2023-6-13 12:15
轨迹文件要求每一帧的原子都相同，动态选区的选择语句仅对于保存的第一帧判断原子。靠gmx current没戏，自 ...

好的老师

qiyan · 发表于 Post on 2023-6-27 17:16:04

您好，请问下，您遇到过gmx current计算得到J（t）一直为0的问题吗

yangjunfang · 发表于 Post on 2023-7-10 11:12:50

qiyan 发表于 2023-6-27 17:16
您好，请问下，您遇到过gmx current计算得到J（t）一直为0的问题吗

您好，请问您的问题解决了吗？我也遇到了类似的问题，计算的介电常数一直为1

qiyan · 发表于 Post on 2023-7-11 17:35:00

yangjunfang 发表于 2023-7-10 11:12
您好，请问您的问题解决了吗？我也遇到了类似的问题，计算的介电常数一直为1

我的是由于M（J）=0导致的，平动偶极矩为0，但是M(D)不为零，可能盒子的速度信息有问题。目前还没有解决。

yangjunfang · 发表于 Post on 2023-7-12 15:34:12

qiyan 发表于 2023-7-11 17:35
我的是由于M（J）=0导致的，平动偶极矩为0，但是M(D)不为零，可能盒子的速度信息有问题。目前还没有解决 ...

好的

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