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[VMD] 求助:如何使用vmd查看小分子与蛋白的盐桥占有率?

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最近用gromacs做了小分子和蛋白的md,想监测一下盐桥,
之前使用了gmx saltbr , 输出文件太多,内存占用大,很不好用
想使用VMD监测,但是使用Extensions - Analysis - Salt Bridges 只得到了氨基酸与氨基酸之间的盐桥
想请教各位老师如何检测小分子和氨基酸之间的盐桥?

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发表于 Post on 2021-4-24 11:13:04 | 只看该作者 Only view this author
这个插件只能用于氨基酸之间的
小分子和氨基酸之间的需要自己写VMD tcl脚本统计
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2021-5-19 14:04:31 | 只看该作者 Only view this author
请问一下VMD中分析盐桥的界面该怎么设定啊

202105191404425419..png (392.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 37)

202105191404425419..png

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发表于 Post on 2021-5-20 17:58:34 | 只看该作者 Only view this author
xking 发表于 2021-5-19 14:04
请问一下VMD中分析盐桥的界面该怎么设定啊


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-5-22 23:07:41 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2023-7-20 11:34:07 | 只看该作者 Only view this author
你好,请问你知道怎么用VMD计算小分子和蛋白的盐桥键了吗

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